[日本語] English
万見
- PDB-2aq5: Crystal Structure of Murine Coronin-1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aq5
タイトルCrystal Structure of Murine Coronin-1
要素Coronin-1A
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / WD40 repeat / 7-Bladed beta-propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of vesicle fusion / uropod organization / negative regulation of actin nucleation / thymocyte migration / natural killer cell degranulation / early endosome to recycling endosome transport / phagolysosome assembly / epithelial cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization / stereocilium tip ...negative regulation of vesicle fusion / uropod organization / negative regulation of actin nucleation / thymocyte migration / natural killer cell degranulation / early endosome to recycling endosome transport / phagolysosome assembly / epithelial cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization / stereocilium tip / nerve growth factor signaling pathway / regulation of actin filament polymerization / vesicle fusion / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / leukocyte chemotaxis / cortical actin cytoskeleton / myosin heavy chain binding / positive chemotaxis / cell-substrate adhesion / cell leading edge / T cell homeostasis / actin monomer binding / immunological synapse / positive regulation of T cell migration / T cell proliferation / phagocytic cup / phosphatidylinositol 3-kinase binding / T cell migration / cytoskeletal protein binding / response to cytokine / positive regulation of T cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / cellular response to interleukin-4 / T cell activation / actin filament organization / actin filament / establishment of localization in cell / positive regulation of T cell activation / phagocytic vesicle membrane / actin filament binding / calcium ion transport / cell-cell junction / actin cytoskeleton / lamellipodium / regulation of cell shape / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / early endosome / axon / synapse / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Trimerisation motif / Trimerisation motif / Domain of unknown function DUF1899 / Coronin / Domain of unknown function (DUF1899) / Type of WD40 repeat / DUF1899 / DUF1900 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller ...Trimerisation motif / Trimerisation motif / Domain of unknown function DUF1899 / Coronin / Domain of unknown function (DUF1899) / Type of WD40 repeat / DUF1899 / DUF1900 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Appleton, B.A. / Wu, P. / Wiesmann, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: The crystal structure of murine coronin-1: a regulator of actin cytoskeletal dynamics in lymphocytes.
著者: Appleton, B.A. / Wu, P. / Wiesmann, C.
履歴
登録2005年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Coronin-1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5011
ポリマ－44,5011
非ポリマー00
水8,341463
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.996, 80.443, 88.208
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Coronin-1A / Coronin-like protein p57 / Coronin-like protein A / CLIPINA / Tryptophan aspartate-containing coat ...Coronin-like protein p57 / Coronin-like protein A / CLIPINA / Tryptophan aspartate-containing coat protein / TACO


分子量: 44500.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Coro1a, Coro1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O89053
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.49 %
結晶化温度: 292 K / pH: 8
詳細: 30% PEG-MME 2000, 150 mM potassium chloride, 5 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9795, 0.9797, 0.9570
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月17日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97971
30.9571
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 38545 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.1 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 33.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 11.8 / Rsym value: 0.245 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.602 / SU ML: 0.061 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 1927 5 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.16 36618 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3061 0 0 463 3524
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223139
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4251.9734269
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2335394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.17623.385130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.51615506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.481522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.21309
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.22118
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2080.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8561.52012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40623196
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.34831272
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6844.51073
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 138 -
Rwork0.173 2600 -
obs--98.24 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.0221 Å / Origin y: 54.315 Å / Origin z: 21.0648 Å
111213212223313233
T-0.071 Å20.0078 Å2-0.0044 Å2--0.082 Å20.0049 Å2---0.0709 Å2
L0.5419 °20.1566 °20.0308 °2-0.4909 °20.068 °2--0.602 °2
S0.0013 Å °0.0535 Å °0.0226 Å °-0.0646 Å °-0.0076 Å °0.0355 Å °-0.0218 Å °-0.0512 Å °0.0064 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る