[日本語] English
万見
- PDB-2aq4: Ternary complex of the catalytic core of REV1 with DNA and dCTP. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aq4
タイトルTernary complex of the catalytic core of REV1 with DNA and dCTP.
要素
  • 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'
  • DNA repair protein REV1
キーワードTRANSFERASE / REV1 / Polymerase / PAD / N-digit / G-loop
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidyl transferase activity / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / damaged DNA binding ...deoxycytidyl transferase activity / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / chromatin / mitochondrion / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1490 / DNA repair protein Rev1 / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1490 / DNA repair protein Rev1 / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Helix non-globular / Special / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA repair protein REV1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Nair, D.T. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Rev1 employs a novel mechanism of DNA synthesis using a protein template.
著者: Nair, D.T. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2005年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
P: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3'
T: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'
A: DNA repair protein REV1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5386
ポリマ－58,0233
非ポリマー5163
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)177.320, 200.906, 55.586
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3'


分子量: 3502.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'


分子量: 5067.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 DNA repair protein REV1


分子量: 49452.965 Da / 分子数: 1 / Fragment: catalytic core / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: REV1 / プラスミド: pBJ954 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5464
参照: UniProt: P12689, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

-
非ポリマー , 3種, 143分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.99 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X6A10.9795
シンクロトロンNSLS X4A20.97923, 0.97906, 0.96859
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.979231
30.979061
40.968591
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 42768 / Num. obs: 42757 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 13.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.32→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 5.777 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23781 2118 5 %RANDOM
Rwork0.19686 ---
obs0.19892 40635 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.393 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.68 Å20 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3----3.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3378 569 30 140 4117
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0350.0214113
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.0472.1485681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4885426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.20.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2590.21558
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3760.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.080.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4851.52134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.64523445
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.35331979
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3024.52236
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.323→2.383 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.311 140
Rwork0.244 2619
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7802-0.32240.13010.74590.05961.37250.025-0.06560.0122-0.0422-0.13080.0935-0.0892-0.25160.10570.00950.0351-0.01770.2271-0.05750.174512.382773.102348.9678
21.3014-0.34780.93920.41130.58731.4879-0.0001-0.0804-0.08530.0762-0.05060.030.1704-0.12680.05070.13110.0121-0.00990.1487-0.00030.155629.123155.946359.7623
32.1860.8442-0.26121.51340.17793.10290.0928-0.1208-0.050.0114-0.18240.0103-0.46910.06510.08960.184-0.0149-0.0290.0657-0.03310.104330.444986.952758.6558
40.7354-0.12920.00640.802-0.45021.23990.00150.00480.0027-0.0395-0.0234-0.0520.0125-0.00840.02190.10.0247-0.01160.1302-0.01880.150138.958164.609730.2721
50.5160.2196-0.23430.5225-0.02180.93020.10610.02050.0755-0.1238-0.11770.1387-0.2290.10580.01160.19520.0211-0.01030.11680.01660.164836.188178.605138.8298
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC324 - 36420 - 60
2X-RAY DIFFRACTION1AC437 - 534133 - 230
3X-RAY DIFFRACTION1AC605 - 619301 - 315
4X-RAY DIFFRACTION2AC365 - 43661 - 132
5X-RAY DIFFRACTION3AC535 - 604231 - 300
6X-RAY DIFFRACTION4AC305 - 3231 - 19
7X-RAY DIFFRACTION4AC621 - 738317 - 434
8X-RAY DIFFRACTION5TB1 - 161 - 16
9X-RAY DIFFRACTION5PA1 - 121 - 12
10X-RAY DIFFRACTION5AF2011
11X-RAY DIFFRACTION5AD - E301 - 3021

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る