PDB-2apn: hi1723 solution structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2apn

タイトル

hi1723 solution structure

要素

Protein HI1723

キーワード

Structural Genomics / UNKNOWN FUNCTION / hi1723 solution structure / Structure 2 Function Project / S2F

機能・相同性

機能・相同性情報

protein maturation by [4Fe-4S] cluster transfer / iron-sulfur cluster assembly / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

溶液NMR / CNS 1.1

データ登録者

He, Y. / Yeh, D.C. / Orban, J. / Structure 2 Function Project (S2F)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of HI1723 From Haemophilus Influenzae
著者: He, Y. / Yeh, D.C. / Orban, J.

履歴

登録	2005年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2apn.cif.gz	657.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2apn.ent.gz	545.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2apn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2apn_validation.pdf.gz	342.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2apn_full_validation.pdf.gz	521.3 KB	表示
XML形式データ	2apn_validation.xml.gz	75.6 KB	表示
CIF形式データ	2apn_validation.cif.gz	99.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/2apn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/2apn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2m5o-d 2k86-d 2k17-d 1ej5-d 2rs6-d 3vtw-1 4es1-d 2jmp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: HI1723

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein HI1723

12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Protein HI1723 分子量: 12200.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45344

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
2	2	2	3D 15N-separated NOESY
3	3	3	3D HN(CA)CB, 3DHNCO, 3DCBCACONH, 3DHBHA(CBCACO)NH, 3D(H)C(CO)NH-TOCSY, H(CCO)NH-TOCSY, 2DTOCSY, 2D-CBHD, 2DCBHE, 2DTOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 50 mM potassium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4 mM DTT, pH7, 90% H2O with 10% D2O 溶媒系: 90% H2O with 10% D2O
試料状態	イオン強度: 50 ~ 100 mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.5	Bruker	collection
NMRPipe		Frank Delaglio Stephan Grzeiek, Guang Zhu, Geerten W. Vuister, John Pfeifer, and Ad Bax	解析
Sparky	3	T. D. Goddard and D. G. Kneller, SPARKY 3, University of California, San Francisco	解析
CNS	1.1	A. T. Brunger, P. D. Adams, G. M. Clore, W. L. Delano, P. Gros, R. W. Grosse-Kunsteve, J. S. Jiang, J. Kuszewski, M. Nilges, N. S. Pannu, R. J.Read, L. M. Rice, T. Simonson, G. L. Warren	構造決定
CNS	1.1	A. T. Brunger, P. D. Adams, G. M. Clore, W. L. Delano, P. Gros, R. W. Grosse-Kunsteve, J. S. Jiang, J. Kuszewski, M. Nilges, N. S. Pannu, R. J.Read, L. M. Rice, T. Simonson, G. L. Warren	精密化

精密化

手法: CNS 1.1 / ソフトェア番号: 1 / 詳細: simulated annealing

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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