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万見
- PDB-2ap0: Solution Structure of the C27A ScYLV P1-P2 Frameshifting Pseudokn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ap0
タイトルSolution Structure of the C27A ScYLV P1-P2 Frameshifting Pseudoknot, 20 Lowest Energy Structures
要素C27A Sugarcane Yellow Leaf Virus RNA pseudoknot
キーワードRNA / RNA pseudoknot / frameshifting
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing starting with random coordinates, refinement with residual dipolar couplings
データ登録者Cornish, P.V. / Giedroc, D.P.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2006
タイトル: The global structures of a wild-type and poorly functional plant luteoviral mRNA pseudoknot are essentially identical
著者: Cornish, P.V. / Stammler, S.N. / Giedroc, D.P.
履歴
登録2005年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C27A Sugarcane Yellow Leaf Virus RNA pseudoknot


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0251
ポリマ－9,0251
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 C27A Sugarcane Yellow Leaf Virus RNA pseudoknot


分子量: 9024.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Mutant of naturally occuring RNA fragment that forms an RNA pseudoknot in Sugarcane Yellow Leaf Virus

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2222D NOESY
2322D TOCSY
342TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.7mM C27A ScYLV; 100mM KCl; 5mM MgCl290% H2O/10% D2O
22.7mM C27A ScYLV; 100mM KCl; 5mM MgCl2100% D2O
32.7mM C27A ScYLV; 100mM KCl; 5mM MgCl2; 15 mg/ml PF1 phage100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100mM KCl, 5mM MgCl2 6ambient 283 K
2100mM KCl, 5mM MgCl2 6ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeMac OS X versionF. Delaglio, S. Grzesiek, G. W. Vuister, G. Zhu, J. Pfeifer and A. Bax解析
Sparky3T. D. Goddard and D. G. Knellerデータ解析
XPLOR-NIH2.1G. Marius Clore , John Kuszewski, Charles D. Schwieters, and Nico Tjandra精密化
精密化手法: simulated annealing starting with random coordinates, refinement with residual dipolar couplings
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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