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万見
- PDB-2ant: THE 2.6 A STRUCTURE OF ANTITHROMBIN INDICATES A CONFORMATIONAL CH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ant
タイトルTHE 2.6 A STRUCTURE OF ANTITHROMBIN INDICATES A CONFORMATIONAL CHANGE AT THE HEPARIN BINDING SITE
要素ANTITHROMBIN
キーワードSERPIN / HEPARIN / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of blood coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / heparin binding / collagen-containing extracellular matrix / protease binding ...regulation of blood coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / heparin binding / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antithrombin-III, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain ...Antithrombin-III, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose / Antithrombin-III
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Skinner, R. / Abrahams, J.-P. / Whisstock, J.C. / Lesk, A.M. / Carrell, R.W. / Wardell, M.R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: The 2.6 A structure of antithrombin indicates a conformational change at the heparin binding site.
著者: Skinner, R. / Abrahams, J.P. / Whisstock, J.C. / Lesk, A.M. / Carrell, R.W. / Wardell, M.R.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Improved Diffraction of Antithrombin Crystals Grown in Microgravity
著者: Wardell, M.R. / Skinner, R. / Carter, D.C. / Twigg, P.D. / Abrahams, J.-P.
履歴
登録1997年1月28日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月9日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: ANTITHROMBIN
I: ANTITHROMBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6444
ポリマ－98,2022
非ポリマー4422
水1,42379
1
L: ANTITHROMBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3222
ポリマ－49,1011
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: ANTITHROMBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3222
ポリマ－49,1011
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.410, 98.310, 90.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ANTITHROMBIN


分子量: 49101.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: ANTITHROMBIN CRYSTALLISED AS A DIMER BETWEEN LATENT MOLECULE AND ONE ACTIVE MOLECULE
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: PLASMA / 参照: UniProt: P01008
#2: 糖 ChemComp-NAA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose / N-acetyl-beta-D-allosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allose / 2-acetamido-2-deoxy-D-allose / 2-acetamido-2-deoxy-allose / N-ACETYL-D-ALLOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DAllpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-allosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-AllpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
AllNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化pH: 6.7 / 詳細: 18% PEG 4000 50 MM NA/KPO4 PH 6.7
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
318-20 %(w/v)PEG40001reservoir
450 mMsodium potassium phosphate1reservoir
50.05 %(w/v)1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器日付: 1995年4月19日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 24646 / % possible obs: 74 % / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル解像度: 2.62→2.8 Å / % possible all: 53.9
反射
*PLUS
冗長度: 1.8 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 53.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
TNT5D精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ANT

1ant


解像度: 2.6→26.9 Å / 交差検証法: RANDOM / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 682 3.3 %
Rwork0.217 --
all-24646 -
obs-24646 74 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→26.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6529 0 28 79 6636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.09
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.16
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d20.053
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.05
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.011
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5D / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.217 / Rfactor Rfree: 0.299
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg20.053
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.011
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.64 Å / 最低解像度: 2.72 Å / Rfactor Rfree: 0.63 / Rfactor obs: 0.37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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