PDB-2an9: Crystal Structure Of Oligomeric E.coli Guanylate Kinase In Comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2an9

タイトル

Crystal Structure Of Oligomeric E.coli Guanylate Kinase In Complex With GDP

要素

Guanylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / GMP kinase / guanylate kinase / oligomeric

機能・相同性

機能・相同性情報

guanylate kinase / GMP kinase activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Hible, G. / Renault, L. / Schaeffer, F. / Christova, P. / Radulescu, A.Z. / Evrin, C. / Gilles, A.M. / Cherfils, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Calorimetric and crystallographic analysis of the oligomeric structure of Escherichia coli GMP kinase
著者: Hible, G. / Renault, L. / Schaeffer, F. / Christova, P. / Radulescu, A.Z. / Evrin, C. / Gilles, A.M. / Cherfils, J.

履歴

登録	2005年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2an9.cif.gz	102.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2an9.ent.gz	78 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2an9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2an9_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2an9_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	2an9_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	2an9_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/2an9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/2an9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2anbC 2ancC 1ex7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2f3r-1 2anc-d 2f3t-d 1s96-2 2anb-1 4pw8-1 6vbn-d 4pw8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Guanylate kinase

B: Guanylate kinase

ヘテロ分子

48.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Guanylate kinase

B: Guanylate kinase

ヘテロ分子

A: Guanylate kinase

B: Guanylate kinase

ヘテロ分子

A: Guanylate kinase

B: Guanylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.225, 68.225, 151.272
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Guanylate kinase / GMP kinase 分子量: 23625.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: gmk / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLI5 / 参照: UniProt: P60546, guanylate kinase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-GMP / GUANOSINE / グアノシン分子量: 283.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 4% (w/v) PEG 3350, 40mM potassium thiocyanate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月4日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→20 Å / Num. all: 16498 / Num. obs: 16498 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 43.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 28.8
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 0.144 / Mean I/σ(I) obs: 16.4 / Num. unique all: 1172 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EX7

1ex7

解像度: 2.35→19.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 8.06 / SU ML: 0.196 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.716 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25762	833	5 %	RANDOM
R_work	0.18488	-	-	-
all	0.18859	15672	-	-
obs	0.18859	15672	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.622 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3290	0	98	185	3573

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	3460
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.478	1.98	4690
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.848	3	7152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.472	5	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3798
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	708
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	743
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.14	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.285	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.229	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.636	1.5	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.222	2	3286
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.003	3	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.326	4.5	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	57	-
R_work	0.191	1115	-
obs	-	1172	97.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5323	-1.0347	-0.2351	2.6628	0.5831	2.0704	0.0733	0.1954	0.1305	0.0531	-0.1131	0.1618	0.0163	-0.1749	0.0398	0.078	-0.0167	0.0322	0.1187	-0.0285	0.1052	18.185	7.627	7.906
2	6.6665	0.3156	2.874	9.6843	2.7567	10.1441	0.0604	0.4676	-0.1444	-0.4887	-0.1244	0.2688	0.0328	-0.0772	0.064	0.1882	0.082	0.0662	0.2043	-0.0241	0.0416	23.452	3.502	-12.424
3	9.7373	4.6126	-2.5924	5.7706	0.0579	2.9419	-0.0805	0.8415	-0.4784	-0.6271	0.0172	-0.1409	0.403	-0.1636	0.0632	0.2078	0.0196	0.0176	0.1765	-0.0418	0.2192	21.402	-17.552	-0.851
4	1.3509	-0.3308	0.1541	2.982	0.2754	2.5252	0.0649	0.0465	-0.153	-0.022	-0.0571	-0.0937	0.3127	0.0925	-0.0078	0.0306	-0.0265	0.0363	0.0895	-0.0493	0.1098	18.068	7.005	28.586
5	7.5447	-1.4973	-2.9794	6.1408	1.0391	10.4914	-0.0918	-0.6063	-0.0721	0.6489	0.0432	0.099	-0.1352	-0.2354	0.0486	0.1435	-0.0684	-0.0135	0.1358	-0.0707	0.0839	18.708	13.823	48.972
6	5.3843	-0.0215	-1.8345	1.6484	2.5586	1.9528	0.3319	-0.353	0.1394	0.4243	-0.2258	-0.005	-0.1806	-0.0647	-0.1061	0.15	-0.0386	-0.0056	0.0868	0.0055	0.2595	3.184	27.669	37.014

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 36	2 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	87 - 127	87 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	159 - 206	159 - 206
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	37 - 86	37 - 86
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	E	601	1
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	C	603	1
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	128 - 158	128 - 158
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	F	602	1
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	2 - 36	2 - 36
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	87 - 127	87 - 127
11	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	159 - 206	159 - 206
12	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	37 - 86	37 - 86
13	X-RAY DIFFRACTION	5	B	G	1601	1
14	X-RAY DIFFRACTION	5	B	D	1603	1
15	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	128 - 158	128 - 158
16	X-RAY DIFFRACTION	6	B	H	1602	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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