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万見
- PDB-2aj9: X-ray crystal structure of W42A,R161A double mutant of Mycobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aj9
タイトルX-ray crystal structure of W42A,R161A double mutant of Mycobacterium tuberculosis beta-ketoacyl-ACP synthase III
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
キーワードTRANSFERASE / beta-ketoacyl-ACP synthase III / 3-oxoacyl-ACP synthase III / mtFabH / FabH
機能・相同性
機能・相同性情報


mycobacterial beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase III / beta-ketodecanoyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / fatty-acyl-CoA binding / fatty acid elongation / lipid biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / Mycobacterial beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Brown, A.K. / Sridharan, S. / Kremer, L. / Lindenberg, S. / Dover, L.G. / Sacchettini, J.C. / Besra, G.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Probing the Mechanism of the Mycobacterium tuberculosis beta-Ketoacyl-Acyl Carrier Protein Synthase III mtFabH: Factors Influencing Catalysis And Substrate Specificity.
著者: Brown, A.K. / Sridharan, S. / Kremer, L. / Lindenberg, S. / Dover, L.G. / Sacchettini, J.C. / Besra, G.S.
履歴
登録2005年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8752
ポリマ－73,8752
非ポリマー00
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area23190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.174, 56.021, 88.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III / KAS III / MtFabH


分子量: 36937.625 Da / 分子数: 2 / 変異: W42A, R161A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: fabH / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA (DE3)
参照: UniProt: P0A574, UniProt: P9WNG3*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 30 % w/v PEG 8000, pH 7.5, microbatch under oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器日付: 2003年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 21850 / Num. obs: 21086 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 41.8 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADVXデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
Adxvdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1m1m

1m1m


解像度: 2.5→28.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1980 9.8 %random
Rwork0.225 ---
all-21850 --
obs-20163 92 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model / Bsol: 25.4257 Å2 / ksol: 0.302034 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.23 Å20 Å2-7.58 Å2
2--12.04 Å20 Å2
3----2.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4854 0 0 101 4955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 228 9.8 %
Rwork0.331 2097 -
obs--86.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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