[日本語] English
万見
- PDB-2ahq: Solution Structure of the C-terminal RpoN Domain of Sigma-54 from... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ahq
タイトルSolution Structure of the C-terminal RpoN Domain of Sigma-54 from Aquifex aeolicus
要素RNA polymerase sigma factor RpoN
キーワードTRANSCRIPTION / Sigma-54 / sigma factors / solution structure / RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 factors family profile. / RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma factor 54 / Homeodomain-like ...Sigma-54 factors family profile. / RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma factor 54 / Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma factor RpoN
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Doucleff, M. / Malak, L.T. / Pelton, J.G. / Wemmer, D.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The C-terminal RpoN domain of sigma54 forms an unpredicted helix-turn-helix motif similar to domains of sigma70.
著者: Doucleff, M. / Malak, L.T. / Pelton, J.G. / Wemmer, D.E.
履歴
登録2005年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase sigma factor RpoN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9661
ポリマ－8,9661
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 150target function
代表モデルモデル #1lowest dyana target function

-
要素

#1: タンパク質 RNA polymerase sigma factor RpoN / SIGMA-54


分子量: 8966.376 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: rpoN / プラスミド: pet21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (BL21 (DE3) with pLysS) / 参照: UniProt: O66858

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D N15-seperated TOCSY
132HNCA-J
142(H)CCH-TOCSY
1523D 13C-separated NOESY
1642D C13-HSQC
NMR実験の詳細Text: Other experiments performed and used for chemical shift assignments and obtaining restraints: CBCA(CO)NH, DQF-COSY, CC(CO)NH, H/D Exchange via N15-HSQC, HNHA - J couplings

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM Sigma-54 U-15N; 50 mM Hepes; 250 mM NaCl; 1 mM EDTA; 90% H20; 10% D2090% H20; 10% D20
20.8 mM Sigma-54 U-15N U-13C; 50 mM Hepes; 250 mM NaCl; 1 mM EDTA; 90% H20; 10% D2090% H20; 10% D20
30.8 mM Sigma-54 U-15; 50 mM Hepes; 250 mM NaCl; 1 mM EDTA; 5% H20; 95% D205% H20; 95% D20
40.8 mM Sigma-54 U-15N U-10% 13C; 50 mM Hepes; 250 mM NaCl; 1 mM EDTA; 90% H20; 10% D2090% H20; 10% D20
試料状態イオン強度: 50 mM Hepes; 250 mM NaCl / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.3Delaglio et al. (1995)解析
NMRView5.0.4Johnson & Blevins (1994)データ解析
DYANA1.5Guntert et al. (1997)構造決定
DYANA1.5Guntert et al. (1997)精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures are based on a total 1064 restraints: 956 distance and 108 dihedral angle
代表構造選択基準: lowest dyana target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る