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- PDB-2aex: The 1.58A Crystal Structure of Human Coproporphyrinogen Oxidase R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aex
タイトルThe 1.58A Crystal Structure of Human Coproporphyrinogen Oxidase Reveals the Structural Basis of Hereditary Coproporphyria
要素Coproporphyrinogen III oxidase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / flat beta-sheet sandwiched by helices
機能・相同性
機能・相同性情報


coproporphyrinogen oxidase / coproporphyrinogen oxidase activity / heme O biosynthetic process / heme B biosynthetic process / heme A biosynthetic process / structural constituent of eye lens / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / mitochondrial intermembrane space ...coproporphyrinogen oxidase / coproporphyrinogen oxidase activity / heme O biosynthetic process / heme B biosynthetic process / heme A biosynthetic process / structural constituent of eye lens / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / mitochondrial intermembrane space / protein homodimerization activity / mitochondrion / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coproporphyrinogen III oxidase, aerobic / Coproporphyrinogen III oxidase, aerobic / Coproporphyrinogen III oxidase, conserved site / Oxygen-dependent coproporphyrinogen III oxidase superfamily / Coproporphyrinogen III oxidase / Coproporphyrinogen III oxidase signature. / oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Oxygen-dependent coproporphyrinogen-III oxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Lee, D.S. / Flachsova, E. / Bodnarova, M. / Demeler, B. / Martasek, P. / Raman, C.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structural basis of hereditary coproporphyria.
著者: Lee, D.S. / Flachsova, E. / Bodnarova, M. / Demeler, B. / Martasek, P. / Raman, C.S.
履歴
登録2005年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coproporphyrinogen III oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6432
ポリマ－39,4511
非ポリマー1921
水6,539363
1
A: Coproporphyrinogen III oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Coproporphyrinogen III oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2864
ポリマ－78,9012
非ポリマー3842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.741, 112.741, 112.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-710-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -X, -Y+1, Z

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要素

#1: タンパク質 Coproporphyrinogen III oxidase, mitochondrial / Coproporphyrinogenase / Coprogen oxidase / COX


分子量: 39450.664 Da / 分子数: 1 / 断片: coproporphyrinogen oxidase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPOX, CPO, CPX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P36551, coproporphyrinogen oxidase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MPD, citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9537 0.9795 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月16日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
20.97951
30.97961
反射解像度: 1.5→100 Å / Num. all: 65081 / Num. obs: 65081 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.58→1.62 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.58→31.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.014 / SU ML: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20755 3294 5.1 %RANDOM
Rwork0.18598 ---
obs0.18709 61787 99.47 %-
all-65081 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.411 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→31.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2702 0 13 363 3078
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212920
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3511.953966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76835983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9685365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.94323.311148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.64615500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6361526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02641
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2663
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.22622
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.21436
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21613
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2460.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1152.52283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3442.5713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2683.52853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0232.51353
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.563.51113
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 246 -
Rwork0.23 4479 -
obs--99.52 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.207 Å / Origin y: 55.4269 Å / Origin z: 27.1905 Å
111213212223313233
T-0.0304 Å2-0.0009 Å2-0.0195 Å2--0.0119 Å20.0209 Å2---0.0297 Å2
L0.7865 °20.1379 °2-0.3414 °2-0.7724 °20.1345 °2--0.5557 °2
S-0.0334 Å °0.054 Å °-0.047 Å °-0.0515 Å °-0.017 Å °-0.0347 Å °0.0607 Å °0.0036 Å °0.0504 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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