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- PDB-2ae8: Crystal Structure of Imidazoleglycerol-phosphate Dehydratase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ae8
タイトルCrystal Structure of Imidazoleglycerol-phosphate Dehydratase from Staphylococcus aureus subsp. aureus N315
要素Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
キーワードLYASE / beta-alpha-beta sandwich / duplication of a half-domain / imidazoleglycerol-phosphate dehydratase (IGPD) / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / imidazoleglycerol-phosphate dehydratase activity / L-histidine biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Imidazole glycerol phosphate dehydratase; domain 1 / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase signature 1. / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase, conserved site / Imidazole glycerol phosphate dehydratase domain superfamily / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase signature 2. / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Kim, Y. / Quartey, P. / Holzle, D. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Imidazoleglycerol-phosphate Dehydratase from Staphylococcus aureus subsp. aureus N315
著者: Kim, Y. / Quartey, P. / Holzle, D. / Collart, F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2005年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32015年5月20日Group: Database references / Derived calculations / Other
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
B: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
C: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
D: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
E: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
F: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,45922
ポリマ－149,0706
非ポリマー38916
水17,042946
1
A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
B: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
C: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
D: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
E: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
F: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
B: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
C: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
D: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
E: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
F: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
B: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
C: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
D: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
E: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
F: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
B: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
C: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
D: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
E: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
F: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)597,83788
ポリマ－596,28224
非ポリマー1,55664
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_665-y+1,x+1,z1
crystal symmetry operation4_465y-1,-x+1,z1
Buried area65780 Å2
ΔGint-742 kcal/mol
Surface area138340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.247, 129.247, 180.143
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1045-

HOH

21A-1062-

HOH

31A-1117-

HOH

41C-1122-

HOH

51E-1051-

HOH

61E-1054-

HOH

71E-1122-

HOH

81E-1190-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / IGPD


分子量: 24845.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: N315 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P64373, imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 946 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG400, sodium citrate, Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月10日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→40.8 Å / Num. all: 97893 / Num. obs: 97376 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.01→2.08 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 9362 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0000精密化
SBC-Collectデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→40.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.91 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2263 9765 10 %RANDOM
Rwork0.18772 ---
all0.19164 87572 --
obs0.19164 87572 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.646 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å20 Å20 Å2
2--0.76 Å20 Å2
3----1.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→40.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8105 0 16 946 9067
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0228436
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2411.93911402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0951042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.89523.668398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.283151498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8081554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.24091
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2903
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1270.28
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8711.55349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41628368
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.33533434
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2654.53034
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.063 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.248 698
Rwork0.224 6269
obs-6269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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