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万見
- PDB-2ad7: crystal structure of methanol dehydrogenase from M. W3A1 (form C)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ad7
タイトルcrystal structure of methanol dehydrogenase from M. W3A1 (form C) in the presence of methanol
要素
  • Methanol dehydrogenase subunit 1
  • Methanol dehydrogenase subunit 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / methanol dehydrogenase / PQQ configuration / methanol
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity / methanol dehydrogenase (cytochrome c) / methanol oxidation / methanol metabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methanol Dehydrogenase; Chain B / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Pyrrolo-quinoline quinone repeat ...Methanol Dehydrogenase; Chain B / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1 / Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Li, J. / Gan, J.-H. / Xia, Z.-X. / Mathews, F.S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: The enzymatic reaction-induced configuration change of the prosthetic group PQQ of methanol dehydrogenase
著者: Li, J. / Gan, J.-H. / Mathews, F.S. / Xia, Z.-X.
履歴
登録2005年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32013年9月18日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methanol dehydrogenase subunit 1
B: Methanol dehydrogenase subunit 2
C: Methanol dehydrogenase subunit 1
D: Methanol dehydrogenase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,2838
ポリマ－140,5424
非ポリマー7414
水37,1112060
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11200 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area40330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.557, 61.889, 123.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-1735-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Methanol dehydrogenase subunit 1 / MDH large alpha subunit / MEDH


分子量: 62500.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
株: W3A1 / 参照: UniProt: P38539, EC: 1.1.99.8
#2: タンパク質 Methanol dehydrogenase subunit 2 / MDH small beta subunit / MDH-associated peptide / MEDH


分子量: 7770.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
株: W3A1 / 参照: UniProt: P38540, EC: 1.1.99.8
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2060 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: macroseeding / pH: 8.25
詳細: Tris-HCl, PEG 8000, methanol, pH 8.25, macroseeding, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A
検出器検出器: CCD / 日付: 2002年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 204873 / Num. obs: 191556 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 11.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.123 / Num. unique all: 20432 / % possible all: 64.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.5→41.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 422676.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 18886 9.9 %RANDOM
Rwork0.156 ---
all0.158 204102 --
obs0.156 189815 93 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.8098 Å2 / ksol: 0.366235 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 13.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20 Å21.85 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3---0.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.15 Å0.13 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.07 Å0.05 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9894 0 50 2060 12004
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.771.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.222.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 1283 9.9 %
Rwork0.178 11636 -
obs--63.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ccis.paramccis.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5pqq_c5tetra.parampqq_c5tetra.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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