PDB-2acm: Solution structure of the SEA domain of human mucin 1 (MUC1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2acm

タイトル

Solution structure of the SEA domain of human mucin 1 (MUC1)

要素

(Mucin-1) x 2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / auto-catalytic proteolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Dectin-2 family / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Macao, B. / Johansson, D.G.A. / Hansson, G.C. / Hard, T.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Autoproteolysis coupled to protein folding in the SEA domain of the membrane-bound MUC1 mucin
著者: Macao, B. / Johansson, D.G.A. / Hansson, G.C. / Hard, T.

履歴

登録	2005年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2acm.cif.gz	485 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2acm.ent.gz	403.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2acm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2acm_validation.pdf.gz	354.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2acm_full_validation.pdf.gz	549.4 KB	表示
XML形式データ	2acm_validation.xml.gz	30 KB	表示
CIF形式データ	2acm_validation.cif.gz	49 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/2acm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/2acm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1fa4-d 3eud-2 4lp1-1 4lp1-2 6q9q-2 4aix-1 4s1z-3 6xd8-1 4u88-2 6t2e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mucin-1

B: Mucin-1

13.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 100	structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	low energy

#1: タンパク質	Mucin-1 / MUC1 mucus protein / MUC-1 / Polymorphic epithelial mucin / PEM / PEMT / Episialin / Tumor- ...MUC1 mucus protein / MUC-1 / Polymorphic epithelial mucin / PEM / PEMT / Episialin / Tumor-associated mucin / Carcinoma-associated mucin / Tumor-associated epithelial membrane antigen / EMA / H23AG / Peanut- reactive urinary mucin / PUM / Breast carcinoma-associated antigen DF3 / CD227 antigen 分子量: 7767.560 Da / 分子数: 1 / 断片: SEA domain (residues 1041-1097) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUC1 / プラスミド: Pet3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q16615, UniProt: P15941*PLUS
#2: タンパク質	Mucin-1 / MUC1 mucus protein / MUC-1 / Polymorphic epithelial mucin / PEM / PEMT / Episialin / Tumor- ...MUC1 mucus protein / MUC-1 / Polymorphic epithelial mucin / PEM / PEMT / Episialin / Tumor-associated mucin / Carcinoma-associated mucin / Tumor-associated epithelial membrane antigen / EMA / H23AG / Peanut- reactive urinary mucin / PUM / Breast carcinoma-associated antigen DF3 / CD227 antigen 分子量: 6111.690 Da / 分子数: 1 / 断片: SEA domain (residues 1098-1152) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUC1 / プラスミド: Pet3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q16615, UniProt: P15941*PLUS

#1: タンパク質

Mucin-1 / MUC1 mucus protein / MUC-1 / Polymorphic epithelial mucin / PEM / PEMT / Episialin / Tumor- ...

分子量: 7767.560 Da / 分子数: 1 / 断片: SEA domain (residues 1041-1097) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUC1 / プラスミド: Pet3A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q16615, UniProt: P15941*PLUS

#2: タンパク質

Mucin-1 / MUC1 mucus protein / MUC-1 / Polymorphic epithelial mucin / PEM / PEMT / Episialin / Tumor- ...

分子量: 6111.690 Da / 分子数: 1 / 断片: SEA domain (residues 1098-1152) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUC1 / プラスミド: Pet3A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q16615, UniProt: P15941*PLUS

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	CBCA(CO)NH
1	4	1	HNCO

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試料調製

詳細	内容: 1mM SEA domain U-15N,13C; 20mM potassium phosphate, 20mM sodium chloride; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 20mM KPi, 20mM NaCl / pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	900	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software	名称: XPLOR-NIH / バージョン: 2.1 / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: Deposited coordinates are based on 1238 non-redundant NOE distance restraints, 180 dihedral angle restraints and 42 distance restraints for (21) hydrogen bonds
代表構造	選択基準: low energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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