PDB-2ab9: Discovery, structural determination and processing of the precurs...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ab9

タイトル

Discovery, structural determination and processing of the precursor protein that produces the cyclic trypsin inhibitor SFTI-1

要素

pro-SFTI-1

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / Protein / beta-sheet / random coil

機能・相同性

negative regulation of endopeptidase activity / endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protease binding / Trypsin inhibitor 1

機能・相同性情報

生物種

Helianthus annuus (ヒグルマ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing

データ登録者

Mulvenna, J.P. / Foley, F.M. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Discovery, structural determination and putative processing of the precursor protein that produces the cyclic trypsin inhibitor SFTI-1
著者: Mulvenna, J.P. / Foley, F.M. / Craik, D.J.

履歴

登録	2005年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ab9.cif.gz	187 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ab9.ent.gz	155.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ab9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ab9_validation.pdf.gz	341.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ab9_full_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示
XML形式データ	2ab9_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	2ab9_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/2ab9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/2ab9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ocd-1 1wts-d 1f6j-d 1f6i-d 2a2t-6 4ocd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: pro-SFTI-1

3.37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	pro-SFTI-1 分子量: 3371.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helianthus annuus (ヒグルマ) / プラスミド: pTWIN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q4GWU5
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	2D NOESY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	2	E-COSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	approx 1mM pro-SFTI-1, 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	approx 1mM pro-SFTI-1, 100% D2O	100% D2O

試料状態

イオン強度: NA / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1	A.T.Brunger, P.D.Adams, G.M.Clore, W.L.Delano, P.Gros, R.W.Grosse-Kunstleve, J.-S.Jiang, J.Kuszewski, M.Nilges, N.S.Pannu, R.J.Read, L.M.Rice, T.Simonson, G.L.Warren	構造決定
CNS	1		精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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