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- PDB-2aao: Regulatory apparatus of Calcium Dependent protein kinase from Ara... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aao
タイトルRegulatory apparatus of Calcium Dependent protein kinase from Arabidopsis thaliana
要素Calcium-dependent protein kinase, isoform AK1
キーワードTRANSFERASE / Calcium dependent protein kinase / calmodulin-like domain / EF hand / Calcium binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of leaf senescence / peroxisomal membrane / peroxisome / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...: / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-dependent protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chandran, V. / Stollar, E.J. / Lindorff-Larsen, K. / Harper, J.F. / Chazin, W.J. / Dobson, C.M. / Luisi, B.F. / Christodoulou, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the regulatory apparatus of a calcium-dependent protein kinase (CDPK): a novel mode of calmodulin-target recognition.
著者: Chandran, V. / Stollar, E.J. / Lindorff-Larsen, K. / Harper, J.F. / Chazin, W.J. / Dobson, C.M. / Luisi, B.F. / Christodoulou, J.
履歴
登録2005年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-dependent protein kinase, isoform AK1
B: Calcium-dependent protein kinase, isoform AK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,71311
ポリマ－38,3532
非ポリマー3619
水2,756153
1
A: Calcium-dependent protein kinase, isoform AK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3375
ポリマ－19,1761
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Calcium-dependent protein kinase, isoform AK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3776
ポリマ－19,1761
非ポリマー2005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)35.968, 88.154, 117.552
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Calcium-dependent protein kinase, isoform AK1 / CDPK


分子量: 19176.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AK1 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q06850, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: PEG400, calcium chloride, sodium acetate , pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9766, 0.9795, 0.95
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月20日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97661
20.97951
30.951
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 25329 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.167 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 86.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→14.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 5.98 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1239 5.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.215 26003 --
obs0.278 24445 94.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.063 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→14.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2268 0 9 153 2430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222311
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3081.9633092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81834825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5613283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.32115453
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2760.3727
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.220.32090
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.51
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2360.5165
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1270.53
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1520.535
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4460.314
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2070.331
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.58
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3831417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.24242254
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6893894
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5544838
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 78 -
Rwork0.235 1305 -
all-1383 -
obs-1305 75.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.0499-7.575817.697510.9345-8.791731.06450.8958-0.0714-0.47030.7851-0.11030.42311.9926-0.7357-0.78550.4534-0.1393-0.0090.1579-0.02470.142420.3930.81541.59
21.50170.0883-0.06996.18432.48642.8708-0.0845-0.00640.0148-0.27710.0093-0.2922-0.24370.01540.07520.1246-0.0138-0.01870.30460.02660.276223.40528.94219.656
372.9271-63.8419-7.588449.4630.3423-2.17570.28820.74193.89390.2206-0.7149-4.1722-0.66780.38690.42670.12510.0286-0.17160.2230.03260.661736.16933.08522.865
45.6817-0.2362-1.03394.34370.882.6874-0.2202-0.2788-0.05470.28330.1174-0.31920.19390.10890.10280.07370.0292-0.04320.2841-0.01120.266927.12423.47927.653
58.14920.7173-0.321516.82130.78277.52010.15430.1487-0.03430.42530.0553-1.04960.42060.5625-0.20960.01730.019-0.04240.1932-0.03430.104928.39936.32730.176
62.0644-0.2266-1.34734.62741.61198.56750.07930.28710.1336-0.6647-0.10550.3259-0.3446-0.54850.02610.20520.1071-0.05380.28520.01570.181715.74344.30814.911
72.2083-0.8088-0.0395.62240.672317.68630.1699-0.00410.1843-0.9343-0.1546-0.5338-1.48970.2983-0.01530.39210.00140.0740.21510.05610.171626.16847.26111.768
84.11964.264-7.412413.2024-16.073735.81770.34180.3222-0.0327-0.3299-0.1530.1415-1.7233-0.6799-0.18870.33140.09980.00540.274-0.06230.159417.15451.11424.149
91.53150.6639-0.00064.99621.2692.66870.0423-0.08120.0720.2932-0.1566-0.16980.199-0.07240.11430.16430.0155-0.00380.28770.03580.231826.51753.53844.403
1055.626853.8299-24.660767.9973-42.655124.8609-0.4486-0.0749-2.0665-0.8336-0.8377-2.57220.78160.91481.28630.13130.02450.06960.2085-0.00920.335437.99449.24438.06
112.68340.3725-1.08893.3320.7450.1789-0.11320.25130.1996-0.14760.0274-0.03440.1371-0.04130.08570.1235-0.0297-0.0130.32110.02570.251927.65458.26935.288
127.33719.5065-11.425322.0788-7.426413.4315-0.0112-0.4901-0.81290.0724-0.3116-0.749-0.28140.57260.32280.017-0.0226-0.03380.1703-0.00590.103329.16346.38333.388
133.6082-2.5393.30674.9565.12578.3522-0.0142-0.4628-0.25170.6973-0.01090.40170.3602-0.58730.02510.3417-0.07710.07020.2050.050.127721.07339.16350.343
144.5021.62692.58953.2311-0.972910.40570.00210.0458-0.16540.35710.3236-0.3841.16170.2797-0.32560.45770.0515-0.03490.1771-0.01940.134631.21636.67451.485
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA6 - 236 - 23
22AA24 - 5624 - 56
33AA57 - 6157 - 61
44AA62 - 9062 - 90
55AA91 - 9991 - 99
66AA100 - 127100 - 127
77AA136 - 160136 - 160
88BB6 - 236 - 23
99BB24 - 5624 - 56
1010BB57 - 6157 - 61
1111BB62 - 9062 - 90
1212BB91 - 9991 - 99
1313BB100 - 123100 - 123
1414BB140 - 160140 - 160

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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