PDB-2aao: Regulatory apparatus of Calcium Dependent protein kinase from Ara...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2aao

タイトル

Regulatory apparatus of Calcium Dependent protein kinase from Arabidopsis thaliana

要素

Calcium-dependent protein kinase, isoform AK1

キーワード

TRANSFERASE / Calcium dependent protein kinase / calmodulin-like domain / EF hand / Calcium binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

: / regulation of leaf senescence / peroxisomal membrane / peroxisome / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Chandran, V. / Stollar, E.J. / Lindorff-Larsen, K. / Harper, J.F. / Chazin, W.J. / Dobson, C.M. / Luisi, B.F. / Christodoulou, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the regulatory apparatus of a calcium-dependent protein kinase (CDPK): a novel mode of calmodulin-target recognition.
著者: Chandran, V. / Stollar, E.J. / Lindorff-Larsen, K. / Harper, J.F. / Chazin, W.J. / Dobson, C.M. / Luisi, B.F. / Christodoulou, J.

履歴

登録	2005年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2aao.cif.gz	78.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2aao.ent.gz	59.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2aao.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2aao_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2aao_full_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示
XML形式データ	2aao_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	2aao_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/2aao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/2aao	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3x0k-d 4aif-1 3x0p-d 5qrj-d 3x0l-d 1v8m-d 5qrv-d 5qrm-d 1ocu-1 2puy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Calcium-dependent protein kinase, isoform AK1

B: Calcium-dependent protein kinase, isoform AK1

ヘテロ分子

38.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Calcium-dependent protein kinase, isoform AK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Calcium-dependent protein kinase, isoform AK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.968, 88.154, 117.552
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Calcium-dependent protein kinase, isoform AK1 / CDPK 分子量: 19176.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AK1 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q06850, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: PEG400, calcium chloride, sodium acetate , pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9766, 0.9795, 0.95

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月20日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9766	1
2	0.9795	1
3	0.95	1

反射

解像度: 2→20 Å / Num. obs: 25329 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.2 % / B_iso Wilson estimate: 30.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 19.5

反射シェル

解像度: 2→2.03 Å / R_merge(I) obs: 0.167 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 86.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→14.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 5.98 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.254	1239	5.1 %	RANDOM
R_work	0.213	-	-	-
all	0.215	26003	-	-
obs	0.278	24445	94.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.063 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→14.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2268	0	9	153	2430

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.308	1.963	3092
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.818	3	4825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.561	3	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.321	15	453
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2585
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	441
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.276	0.3	727
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.3	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.236	0.5	165
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.127	0.5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.152	0.5	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.446	0.3	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.207	0.3	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.179	0.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.38	3	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.242	4	2254
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.689	3	894
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.554	4	838

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	78	-
R_work	0.235	1305	-
all	-	1383	-
obs	-	1305	75.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.0499	-7.5758	17.6975	10.9345	-8.7917	31.0645	0.8958	-0.0714	-0.4703	0.7851	-0.1103	0.4231	1.9926	-0.7357	-0.7855	0.4534	-0.1393	-0.009	0.1579	-0.0247	0.1424	20.39	30.815	41.59
2	1.5017	0.0883	-0.0699	6.1843	2.4864	2.8708	-0.0845	-0.0064	0.0148	-0.2771	0.0093	-0.2922	-0.2437	0.0154	0.0752	0.1246	-0.0138	-0.0187	0.3046	0.0266	0.2762	23.405	28.942	19.656
3	72.9271	-63.8419	-7.5884	49.463	0.3423	-2.1757	0.2882	0.7419	3.8939	0.2206	-0.7149	-4.1722	-0.6678	0.3869	0.4267	0.1251	0.0286	-0.1716	0.223	0.0326	0.6617	36.169	33.085	22.865
4	5.6817	-0.2362	-1.0339	4.3437	0.88	2.6874	-0.2202	-0.2788	-0.0547	0.2833	0.1174	-0.3192	0.1939	0.1089	0.1028	0.0737	0.0292	-0.0432	0.2841	-0.0112	0.2669	27.124	23.479	27.653
5	8.1492	0.7173	-0.3215	16.8213	0.7827	7.5201	0.1543	0.1487	-0.0343	0.4253	0.0553	-1.0496	0.4206	0.5625	-0.2096	0.0173	0.019	-0.0424	0.1932	-0.0343	0.1049	28.399	36.327	30.176
6	2.0644	-0.2266	-1.3473	4.6274	1.6119	8.5675	0.0793	0.2871	0.1336	-0.6647	-0.1055	0.3259	-0.3446	-0.5485	0.0261	0.2052	0.1071	-0.0538	0.2852	0.0157	0.1817	15.743	44.308	14.911
7	2.2083	-0.8088	-0.039	5.6224	0.6723	17.6863	0.1699	-0.0041	0.1843	-0.9343	-0.1546	-0.5338	-1.4897	0.2983	-0.0153	0.3921	0.0014	0.074	0.2151	0.0561	0.1716	26.168	47.261	11.768
8	4.1196	4.264	-7.4124	13.2024	-16.0737	35.8177	0.3418	0.3222	-0.0327	-0.3299	-0.153	0.1415	-1.7233	-0.6799	-0.1887	0.3314	0.0998	0.0054	0.274	-0.0623	0.1594	17.154	51.114	24.149
9	1.5315	0.6639	-0.0006	4.9962	1.269	2.6687	0.0423	-0.0812	0.072	0.2932	-0.1566	-0.1698	0.199	-0.0724	0.1143	0.1643	0.0155	-0.0038	0.2877	0.0358	0.2318	26.517	53.538	44.403
10	55.6268	53.8299	-24.6607	67.9973	-42.6551	24.8609	-0.4486	-0.0749	-2.0665	-0.8336	-0.8377	-2.5722	0.7816	0.9148	1.2863	0.1313	0.0245	0.0696	0.2085	-0.0092	0.3354	37.994	49.244	38.06
11	2.6834	0.3725	-1.0889	3.332	0.745	0.1789	-0.1132	0.2513	0.1996	-0.1476	0.0274	-0.0344	0.1371	-0.0413	0.0857	0.1235	-0.0297	-0.013	0.3211	0.0257	0.2519	27.654	58.269	35.288
12	7.3371	9.5065	-11.4253	22.0788	-7.4264	13.4315	-0.0112	-0.4901	-0.8129	0.0724	-0.3116	-0.749	-0.2814	0.5726	0.3228	0.017	-0.0226	-0.0338	0.1703	-0.0059	0.1033	29.163	46.383	33.388
13	3.6082	-2.539	3.3067	4.956	5.1257	8.3522	-0.0142	-0.4628	-0.2517	0.6973	-0.0109	0.4017	0.3602	-0.5873	0.0251	0.3417	-0.0771	0.0702	0.205	0.05	0.1277	21.073	39.163	50.343
14	4.502	1.6269	2.5895	3.2311	-0.9729	10.4057	0.0021	0.0458	-0.1654	0.3571	0.3236	-0.384	1.1617	0.2797	-0.3256	0.4577	0.0515	-0.0349	0.1771	-0.0194	0.1346	31.216	36.674	51.485

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	6 - 23	6 - 23
2	2	A	A	24 - 56	24 - 56
3	3	A	A	57 - 61	57 - 61
4	4	A	A	62 - 90	62 - 90
5	5	A	A	91 - 99	91 - 99
6	6	A	A	100 - 127	100 - 127
7	7	A	A	136 - 160	136 - 160
8	8	B	B	6 - 23	6 - 23
9	9	B	B	24 - 56	24 - 56
10	10	B	B	57 - 61	57 - 61
11	11	B	B	62 - 90	62 - 90
12	12	B	B	91 - 99	91 - 99
13	13	B	B	100 - 123	100 - 123
14	14	B	B	140 - 160	140 - 160

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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