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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aai | |||||||||
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タイトル | Crystallographic refinement of ricin to 2.5 Angstroms | |||||||||
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![]() | HYDROLASE / GLYCOSIDASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Rutenber, E. / Katzin, B.J. / Montfort, W. / Villafranca, J.E. / Ernst, S.R. / Collins, E.J. / Mlsna, D. / Monzingo, A.F. / Ready, M.P. / Robertus, J.D. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic refinement of ricin to 2.5 A. 著者: Rutenber, E. / Katzin, B.J. / Ernst, S. / Collins, E.J. / Mlsna, D. / Ready, M.P. / Robertus, J.D. #1: ![]() タイトル: Structure of Ricin A-Chain at 2.5 Angstroms 著者: Katzin, B.J. / Collins, E.J. / Robertus, J.D. #2: ![]() タイトル: Structure of Ricin B-Chain at 2.5 Angstroms 著者: Rutenber, E. / Robertus, J.D. #3: ![]() タイトル: The Three-Dimensional Structure of Ricin at 2.8 Angstroms 著者: Montfort, W. / Villafranca, J.E. / Monzingo, A.F. / Ernst, S.R. / Katzin, B. / Rutenber, E. / Xuong, N.H. / Hamlin, R. / Robertus, J.D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 123.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 664.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 710.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE PRO A 263 DEVIATED SIGNIFICANTLY FROM THE TRANS CONFORMATION. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29936.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 28989.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase | ||||||
#3: 多糖 | #4: 多糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.57 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: unknown |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 5 Å / Num. obs: 18572 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.212 / Rfactor obs: 0.212 / 最高解像度: 2.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 5 Å / Rfactor obs: 0.212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 4.13 |