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- PDB-2a8r: 2.45 Angstrom Crystal Structure of the Complex Between the Nuclea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a8r
タイトル2.45 Angstrom Crystal Structure of the Complex Between the Nuclear SnoRNA Decapping Nudix Hydrolase X29 and Manganese in the Presence of 7-methyl-GTP
要素U8 snoRNA-binding protein X29
キーワードTRANSLATION / HYDROLASE / modified nudix hydrolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


inosine diphosphate phosphatase / sno(s)RNA catabolic process / dIDP phosphatase activity / dITP catabolic process / IDP phosphatase activity / positive regulation of cell cycle process / RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / dITP diphosphatase activity / negative regulation of rRNA processing / phosphodiesterase decapping endonuclease activity ...inosine diphosphate phosphatase / sno(s)RNA catabolic process / dIDP phosphatase activity / dITP catabolic process / IDP phosphatase activity / positive regulation of cell cycle process / RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / dITP diphosphatase activity / negative regulation of rRNA processing / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / NAD-cap decapping / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / metalloexopeptidase activity / cobalt ion binding / snoRNA binding / mRNA catabolic process / manganese ion binding / nucleotide binding / mRNA binding / nucleolus / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / U8 snoRNA-decapping enzyme-like / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PYROPHOSPHATE 2- / U8 snoRNA-decapping enzyme / U8 snoRNA-decapping enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Scarsdale, J.N. / Peculis, B.A. / Wright, H.T.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of U8 snoRNA decapping nudix hydrolase, X29, and its metal and cap complexes
著者: Scarsdale, J.N. / Peculis, B.A. / Wright, H.T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystals of X29, a Xenopus Laevis U8 SnoRNA Binding Protein with Nuclear Decapping Activity
著者: Peculis, B.A. / Scarsdale, J.N. / Wright, H.T.
#2: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Xenopus U8 SnoRNA Binding Protein is a Conserved Nuclear Decapping Enzyme
著者: Ghosh, T. / Peterson, B. / Tomasevic, N. / Peculis, B.A.
履歴
登録2005年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U8 snoRNA-binding protein X29
B: U8 snoRNA-binding protein X29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6359
ポリマ－49,0082
非ポリマー6277
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area16800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.200, 82.150, 112.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 U8 snoRNA-binding protein X29 / E.C.3.6.1.-


分子量: 24504.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DES)pLysS
参照: UniProt: Q569R2, UniProt: Q6TEC1*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.68
詳細: 4-5 mg/ml X29, 0.025M HEPES pH 7.68, 3/75% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月14日 / 詳細: Osmic Confocal Optics
放射モノクロメーター: Osmic Confocal Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.46 % / Av σ(I) over netI: 14.1 / 数: 754 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 0.99 / D res high: 2.45 Å / D res low: 23.51 Å / Num. obs: 17613 / % possible obs: 99.4 / Rejects: 460
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRejects
5.2623.5198.210.0220.99139
4.185.2699.410.0270.8662
3.664.1899.210.0380.8941
3.323.6699.710.0570.8934
3.093.3299.710.0940.9528
2.93.0999.510.1411.0243
2.762.999.710.191.0435
2.642.7699.910.2681.0629
2.542.6499.510.3161.1126
2.452.5499.510.3651.1123
反射解像度: 2.45→23.51 Å / Num. all: 17716 / Num. obs: 17613 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.46 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 3.48 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1727 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2精密化
d*TREKデータ削減
CNS精密化
CrystalClearデータ収集
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1U20

1u20


解像度: 2.45→23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 19.678 / SU ML: 0.217 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: TLS refinement followd by restrained refinement of individual B factors
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.507 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Simulated annealing via Torsion Angle Dynamics in CNS v1.0 was followed by refinement with REFMAC5,
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1739 9.9 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.227 17716 --
obs-17559 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.24 Å20 Å20 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3----3.27 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.448 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2895 0 23 73 2991
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0233001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.9894049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3965385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.64723.407135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.00215490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6631527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022269
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21261
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22027
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.96921959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.90933025
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.08241131
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.45761023
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 128 -
Rwork0.269 1143 -
all-1271 -
obs-1271 99.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3132-0.40.23344.1562-0.85155.66680.1848-0.86170.48410.6894-0.1802-0.1059-0.48070.1057-0.0045-0.085-0.1290.02290.0165-0.0847-0.09824.439240.97686.7496
22.34280.1212-0.75383.67120.39764.620.07630.2331-0.059-0.3226-0.0887-0.15730.1919-0.01430.0123-0.220.04790.0091-0.21350.0235-0.156624.355733.6925-18.1038
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA20 - 20920 - 209
42BB18 - 20818 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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