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- PDB-2a74: Human Complement Component C3c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a74
タイトルHuman Complement Component C3c
要素(Complement Component ...) x 3
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment ...C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / complement receptor mediated signaling pathway / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / amyloid-beta clearance / B cell activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / fatty acid metabolic process / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / positive regulation of protein phosphorylation / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #160 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / Macroglobulin (MG2) domain / Immunoglobulin-like - #1940 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / N-terminal domain of TfIIb / Complement C3-like, NTR domain / : ...N-terminal domain of TfIIb - #160 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / Macroglobulin (MG2) domain / Immunoglobulin-like - #1940 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / N-terminal domain of TfIIb / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Other non-globular / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Single Sheet / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Complement C3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Janssen, B.J.C. / Huizinga, E.G. / Raaijmakers, H.C.A. / Roos, A. / Daha, M.R. / Nilsson-Ekdahl, K. / Nilsson, B. / Gros, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Structures of complement component C3 provide insights into the function and evolution of immunity.
著者: Janssen, B.J. / Huizinga, E.G. / Raaijmakers, H.C. / Roos, A. / Daha, M.R. / Nilsson-Ekdahl, K. / Nilsson, B. / Gros, P.
履歴
登録2005年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Complement Component C3c
B: Complement Component C3c
C: Complement Component C3c
D: Complement Component C3c
E: Complement Component C3c
F: Complement Component C3c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,88524
ポリマ－264,6536
非ポリマー2,23218
水11,007611
1
A: Complement Component C3c
B: Complement Component C3c
C: Complement Component C3c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,45712
ポリマ－132,3263
非ポリマー1,1319
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12890 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area49660 Å2
手法PISA
2
D: Complement Component C3c
E: Complement Component C3c
F: Complement Component C3c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,42712
ポリマ－132,3263
非ポリマー1,1019
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12830 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area50110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.866, 246.863, 87.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31A
41D
51A
61D
71A
81D
12A
22D
32A
42D
52A
62D
13B
23E
33B
43E
14B
24E
15C
25F

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERGLNGLNAA1 - 1041 - 104
211PROPROGLNGLNDD2 - 1042 - 104
321ASPASPALAALAAA602 - 636602 - 636
421ASPASPALAALADD602 - 636602 - 636
531SERSERTYRTYRAA329 - 424329 - 424
631SERSERTYRTYRDD329 - 424329 - 424
741SERSERLYSLYSAA430 - 534430 - 534
841SERSERLYSLYSDD430 - 534430 - 534
112SERSERGLUGLUAA105 - 204105 - 204
212SERSERGLUGLUDD105 - 204105 - 204
322ASPASPALAALAAA535 - 601535 - 601
422ASPASPALAALADD535 - 601535 - 601
532PHEPHETHRTHRAA210 - 328210 - 328
632PHEPHETHRTHRDD210 - 328210 - 328
113PHEPHEGLUGLUBB808 - 91282 - 186
213PHEPHEGLUGLUEE808 - 91282 - 186
323ASPASPSERSERBB730 - 7414 - 15
423GLUGLUSERSEREE731 - 7415 - 15
114GLUGLUASPASPBB744 - 80618 - 80
214GLUGLUASPASPEE744 - 80618 - 80
115THRTHRASNASNCC1335 - 164137 - 343
215THRTHRASNASNFF1335 - 164137 - 343

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
詳細There are 2 biological units in the asymmetric unit

-
要素

-
Complement Component ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Complement Component C3c


分子量: 71267.203 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 23-665 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: serum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#2: タンパク質 Complement Component C3c


分子量: 21521.756 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 749-936 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: serum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#3: タンパク質 Complement Component C3c


分子量: 39537.418 Da / 分子数: 2 / 断片: esidues 1321-1663 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: serum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024

-
糖 , 1種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-4DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 627分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG3000, lithium nitrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 107630 / Num. obs: 105155 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): -999 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 単一同系置換・異常分散
解像度: 2.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 18.332 / SU ML: 0.22 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.423 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27527 3123 3 %RANDOM
Rwork0.21476 ---
obs0.21653 101981 97.37 %-
all-107630 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.606 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.61 Å20 Å20 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---2.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17632 0 146 611 18389
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02218139
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2011.96124585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.96352212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.47824.851808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.813153211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7881594
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.22805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2460.27652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.211999
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2884
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2410.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.731.511361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.242218122
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94437545
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1034.56462
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1320medium positional0.230.5
2A1132medium positional0.260.5
3B464medium positional0.240.5
4B252medium positional0.240.5
5C1184medium positional0.340.5
1A1242loose positional0.815
2A1087loose positional0.695
3B475loose positional0.675
4B253loose positional0.595
5C1223loose positional0.745
1A1320medium thermal0.562
2A1132medium thermal0.712
3B464medium thermal0.622
4B252medium thermal1.142
5C1184medium thermal0.582
1A1242loose thermal1.3410
2A1087loose thermal1.6110
3B475loose thermal1.5710
4B253loose thermal1.8610
5C1223loose thermal1.3510
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 201 -
Rwork0.291 6602 -
obs--86.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9682-1.1918-0.2925.1669-0.59551.7508-0.15610.0601-0.3732-0.35790.0805-0.69760.11350.30470.07560.0198-0.00840.0078-0.1267-0.0864-0.170145.71-37.23585.121
24.9418-2.38050.36075.97050.44021.92120.02650.10650.1482-0.36620.12380.8341-0.0716-0.3465-0.15030.1461-0.0236-0.0159-0.05370.0803-0.081716.85137.37942.478
32.1413-1.55220.743710.1387-1.17021.64850.08670.5217-0.1177-1.0857-0.1275-0.27470.17390.19930.0408-0.0172-0.02390.0755-0.0546-0.0288-0.326850.3670.03381.701
42.2859-0.97120.228511.85082.25462.88750.05660.37550.2814-1.0361-0.25320.8002-0.2925-0.32490.1965-0.0412-0.0314-0.09650.0442-0.0153-0.18611.6860.15140.105
56.99633.96542.01455.62450.83891.343-0.00180.1157-0.0417-0.15470.09310.53270.0425-0.0534-0.0913-0.18340.01380.0278-0.1005-0.01940.008319.4614.34292.857
64.043.3725-2.19224.7839-1.37372.9530.21190.06750.15150.2-0.0275-0.0757-0.06420.0024-0.1843-0.1469-0.0021-0.0638-0.0382-0.0123-0.238444.485-13.45145.843
73.3283-3.7442-0.95413.3432.57911.9605-0.0769-0.19160.22340.48220.16871.08720.2438-0.2336-0.0917-0.1393-0.056-0.0091-0.04220.03410.002415.149-19.73795.816
82.1892-3.22990.56439.035-2.57092.6986-0.008-0.06140.24540.44040.0202-0.8183-0.34650.4822-0.0122-0.0511-0.11650.02440.0485-0.12280.081748.34920.13950.069
94.56613.20760.08238.0869-0.49752.76790.0175-0.2379-0.21460.1753-0.02470.21030.2138-0.15510.0072-0.1406-0.0096-0.0461-0.13870.0223-0.3532.244-35.33498.787
103.84252.8392-0.312410.06540.02432.1055-0.0427-0.18740.4020.36450.0734-0.4685-0.19820.1874-0.0307-0.024-0.0127-0.0113-0.0582-0.1012-0.202331.56135.64254.839
110.725-0.59550.13382.7914-0.94690.3576-0.0428-0.18280.06640.2948-0.02550.04180.04290.01150.0683-0.1193-0.03710.029-0.1152-0.0195-0.276449.7083.649102.115
121.11660.4512-0.067510.2973-0.83710.13630.0937-0.37330.07541.6581-0.17380.6282-0.1513-0.01240.08010.213-0.11590.0930.0477-0.0602-0.250715.826-3.85659.926
132.81640.4478-0.84573.3958-1.11824.6127-0.066-0.1810.30760.4575-0.0028-0.0919-0.23630.10580.0688-0.0577-0.0037-0.0194-0.2336-0.0463-0.15347.64737.12898.025
142.84661.08820.68075.03720.09684.13890.2003-0.3424-0.11130.8263-0.1230.17290.2328-0.1604-0.07730.0333-0.08350.0026-0.1135-0.0012-0.224517.333-36.98354.613
156.77110.96640.19767.3415-0.30752.7950.0494-0.15270.13410.26610.12660.3526-0.0912-0.2058-0.176-0.13590.07060.0028-0.10680.051-0.084926.75342.13289.161
166.2462.1512-0.13375.8534-1.02672.8456-0.0252-0.0888-0.26650.3450.0604-0.18650.05380.1027-0.0352-0.08250.0467-0.0675-0.0784-0.0417-0.259737.193-41.6443.529
175.08312.10050.72494.5631-0.04253.4047-0.1122-0.14620.33050.1711-0.02720.1454-0.1918-0.07990.1394-0.07050.0359-0.042-0.20250.0403-0.190461.24664.4281.638
185.27873.4439-1.08865.967-1.16913.2381-0.1395-0.1676-0.4360.2434-0.0981-0.44780.08390.13210.2376-0.05970.02030.0206-0.1564-0.0249-0.19032.361-64.57239.207
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1041 - 104
2X-RAY DIFFRACTION1AA602 - 636602 - 636
3X-RAY DIFFRACTION1AG644 - 6451 - 2
4X-RAY DIFFRACTION2DD2 - 1042 - 104
5X-RAY DIFFRACTION2DD602 - 636602 - 636
6X-RAY DIFFRACTION2DH644 - 6451 - 2
7X-RAY DIFFRACTION3AA105 - 204105 - 204
8X-RAY DIFFRACTION4DD105 - 204105 - 204
9X-RAY DIFFRACTION5AA210 - 328210 - 328
10X-RAY DIFFRACTION6DD210 - 328210 - 328
11X-RAY DIFFRACTION7AA329 - 424329 - 424
12X-RAY DIFFRACTION8DD329 - 424329 - 424
13X-RAY DIFFRACTION9AA430 - 534430 - 534
14X-RAY DIFFRACTION10DD430 - 534430 - 534
15X-RAY DIFFRACTION11AA535 - 601535 - 601
16X-RAY DIFFRACTION11BB744 - 80618 - 80
17X-RAY DIFFRACTION12DD535 - 601535 - 601
18X-RAY DIFFRACTION12EE744 - 80618 - 80
19X-RAY DIFFRACTION13BB808 - 91282 - 186
20X-RAY DIFFRACTION13BB730 - 7414 - 15
21X-RAY DIFFRACTION14EE808 - 91282 - 186
22X-RAY DIFFRACTION14EE731 - 7415 - 15
23X-RAY DIFFRACTION15CC1335 - 147437 - 176
24X-RAY DIFFRACTION16FF1335 - 147437 - 176
25X-RAY DIFFRACTION17CC1475 - 1641177 - 343
26X-RAY DIFFRACTION18FF1475 - 1641177 - 343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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