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- PDB-2a6s: Crystal structure of YoeB under isopropanol condition -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a6s
タイトルCrystal structure of YoeB under isopropanol condition
要素Toxin yoeB
キーワードTOXIN / YoeB / YefM / antitoxin / addiction modules / RNase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin-antitoxin complex / global gene silencing by mRNA cleavage / single-species biofilm formation / regulation of growth / mRNA catabolic process / ribosomal small subunit binding / RNA endonuclease activity / negative regulation of translational initiation / response to heat / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism ...toxin-antitoxin complex / global gene silencing by mRNA cleavage / single-species biofilm formation / regulation of growth / mRNA catabolic process / ribosomal small subunit binding / RNA endonuclease activity / negative regulation of translational initiation / response to heat / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Toxin YoeB / YoeB-like toxin of bacterial type II toxin-antitoxin system / RelE-like / YaeB-like fold / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Toxin YoeB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Kamada, K. / Hanaoka, F.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Conformational Change in the Catalytic Site of the Ribonuclease YoeB Toxin by YefM Antitoxin
著者: Kamada, K. / Hanaoka, F.
履歴
登録2005年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin yoeB
B: Toxin yoeB
C: Toxin yoeB
D: Toxin yoeB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,29510
ポリマ－40,9354
非ポリマー3616
水5,657314
1
A: Toxin yoeB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2942
ポリマ－10,2341
非ポリマー601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Toxin yoeB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4144
ポリマ－10,2341
非ポリマー1803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Toxin yoeB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2942
ポリマ－10,2341
非ポリマー601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Toxin yoeB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2942
ポリマ－10,2341
非ポリマー601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.974, 60.989, 98.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Toxin yoeB


分子量: 10233.658 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yoeB / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P69348
#2: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化温度: 277.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Tris-HCl, CH3COONH4, isopropanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.2K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月28日 / 詳細: Collimating and Focusing mirrors
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→48.8 Å / Num. all: 33197 / Num. obs: 33168 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Χ2: 1.339 / Net I/σ(I): 42.01
反射 シェル解像度: 1.77→1.83 Å / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.8 % / Num. measured obs: 3248 / Num. unique all: 3248 / Χ2: 0.954 / % possible all: 97.5

-
位相決定

Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.489 / Packing: 0.624
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Translation4 Å15 Ågeneral99.2 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: extracted from YoeB structure from 2A6Q

2a6q


解像度: 1.77→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1649 5 %random
Rwork0.195 ---
all0.197 33154 --
obs0.196 33036 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 55.633 Å2 / ksol: 0.446303 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 55.56 Å2 / Biso mean: 17.15 Å2 / Biso min: 4.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20 Å22.16 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3---0.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.04 Å-0.06 Å
Luzzati d res high-1.77
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2866 0 0 338 3204
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.65
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.4032.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.77-1.850.221894.70.19438620.0164123405198.3
1.85-1.950.2442105.10.19139270.0174166413799.3
1.95-2.070.2351884.60.18339380.0174154412699.3
2.07-2.230.191974.80.17739320.0144148412999.5
2.23-2.450.2212225.40.19138780.0154117410099.6
2.45-2.810.2331994.80.20739460.0164154414599.8
2.81-3.540.2332115.10.19739460.0164166415799.8
3.54-19.960.222335.60.20139580.0144227419199.1
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ioh_xplor_par.txtIOH_XPLOR_top.TXT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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