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万見
- PDB-2a3l: X-Ray Structure of Adenosine 5'-Monophosphate Deaminase from Arab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a3l
タイトルX-Ray Structure of Adenosine 5'-Monophosphate Deaminase from Arabidopsis Thaliana in Complex with Coformycin 5'-Phosphate
要素AMP deaminase
キーワードHYDROLASE / ATAMPD / At2g38280 / ADENOSINE 5'-MONOPHOSPHATE DEAMINASE / coformycin 5'-phosphate / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CESG / Center for Eukaryotic Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


AMP deaminase / AMP deaminase activity / protein histidine kinase binding / embryo development ending in seed dormancy / IMP salvage / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Invariant Chain; Chain I - #20 / AMP deaminase / AMP deaminase / Invariant Chain; Chain I / Adenosine/AMP deaminase active site / Adenosine and AMP deaminase signature. / Adenosine deaminase / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Few Secondary Structures ...Invariant Chain; Chain I - #20 / AMP deaminase / AMP deaminase / Invariant Chain; Chain I / Adenosine/AMP deaminase active site / Adenosine and AMP deaminase signature. / Adenosine deaminase / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Few Secondary Structures / Irregular / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COFORMYCIN 5'-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / AMP deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Han, B.W. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Membrane association, mechanism of action, and structure of Arabidopsis embryonic factor 1 (FAC1).
著者: Han, B.W. / Bingman, C.A. / Mahnke, D.K. / Bannen, R.M. / Bednarek, S.Y. / Sabina, R.L. / Phillips, G.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of adenosine 5'-monophosphate deaminase (AMPD) from Arabidopsis thaliana in complex with coformycin 5'-phosphate
著者: Han, B.W. / Bingham, C.A. / Mahnke, D.K. / Sabina, R.L. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2005年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.72024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMP deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9344
ポリマ－80,4101
非ポリマー5253
水43224
1
A: AMP deaminase
ヘテロ分子

A: AMP deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,8698
ポリマ－160,8202
非ポリマー1,0496
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/31
Buried area7310 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area47640 Å2
手法PISA, PQS
2
A: AMP deaminase
ヘテロ分子

A: AMP deaminase
ヘテロ分子

A: AMP deaminase
ヘテロ分子

A: AMP deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,73816
ポリマ－321,6394
非ポリマー2,09912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/31
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/31
Buried area17510 Å2
ΔGint-288 kcal/mol
Surface area92380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.325, 131.325, 208.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 AMP deaminase / AMPD


分子量: 80409.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At2g38280 / プラスミド: P2BAC / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O80452
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-CF5 / COFORMYCIN 5'-PHOSPHATE / コホルマイシン5′-りん酸


分子量: 364.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N4O8P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.5 %
結晶化温度: 295 K / pH: 5.6
詳細: 8 MG/ML PROTEIN, 0.40 M MONOAMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, 0.10 M TRI-SODIUM CITRATE, 10% (V/V) ETHANOL, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K, pH 5.60

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97931
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月13日
詳細: HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING 2ND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED SI (220) DOUBLE BOUNCE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.1 % / 数: 16001 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.071 / D res high: 3.34 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 99.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
8.235098.410.0220.8815.4
6.538.2399.810.0290.9356
5.716.5310010.040.9996.2
5.195.7110010.0471.0146.2
4.825.1999.610.0491.1056.2
4.534.8299.410.0571.1426.3
4.314.5399.210.0711.2436.2
4.124.3199.210.0921.236.3
3.964.1299.810.1181.156.3
3.823.9610010.1541.1336.4
3.73.8299.910.1851.0736.4
3.63.799.910.2521.0536.4
3.53.610010.3331.0726.3
3.423.599.910.3890.9965.9
3.343.4299.510.4891.0135.7
反射解像度: 3.34→50 Å / Num. obs: 16001 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22.579
反射 シェル解像度: 3.34→3.42 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 3.922 / % possible all: 99.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å47.88 Å
Translation3 Å47.88 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC1.1精密化
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RABBIT AMPD

解像度: 3.34→49.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 273226 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.323 741 4.9 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 15038 93.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.73 Å2 / ksol: 0.272 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 73.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.914 Å2-1.407 Å20 Å2
2--10.914 Å20 Å2
3----21.828 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.61 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.34→49.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5050 0 30 24 5104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.48
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.34→3.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 116 5.2 %
Rwork0.297 2094 -
obs--84.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAMprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2CF5.PARwater.top
X-RAY DIFFRACTION3PO4.PARCF5.top
X-RAY DIFFRACTION4ZN.PARPO4.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARAMZN.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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