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- PDB-2a2m: CRYSTAL STRUCTURE OF a putativeTenA family transcriptional regula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a2m
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF a putativeTenA family transcriptional regulator (BT_3146) FROM BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 AT 1.88 A RESOLUTION
要素hypothetical protein BT3146
キーワードTRANSCRIPTION / PUTATIVE TENA FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI
機能・相同性: / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha / cytosol / ACETATE ION / TenA family transcriptional activator-like protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of (np_812058.1) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 1.88 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A HEXAMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGIMERIZATION STATE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein BT3146
B: hypothetical protein BT3146
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,05519
ポリマ－60,0152
非ポリマー1,04017
水10,989610
1
A: hypothetical protein BT3146
B: hypothetical protein BT3146
ヘテロ分子

A: hypothetical protein BT3146
B: hypothetical protein BT3146
ヘテロ分子

A: hypothetical protein BT3146
B: hypothetical protein BT3146
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,16457
ポリマ－180,0446
非ポリマー3,12051
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation33_545y,z-1/2,x+1/21
crystal symmetry operation53_455z-1/2,x,y+1/21
Buried area13730 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area51160 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)283.292, 283.292, 283.292
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGCYSCYSAA12 - 9624 - 108
21ARGARGCYSCYSBB12 - 9624 - 108
32ASPASPTHRTHRAA99 - 237111 - 249
42ASPASPTHRTHRBB99 - 237111 - 249

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein BT3146


分子量: 30007.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: np_812058.1 / プラスミド: HK100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A309
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.11 %
結晶化温度: 273 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 5
詳細: 1.0M LiCl, 10.0% PEG-6000, 0.1M Citrate pH 5.0 VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月6日 / 詳細: Flat mirror, double crystal monochromator, toroid
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.88→164.4 Å / Num. all: 74704 / Num. obs: 70979 / % possible obs: 91.5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 13.74
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.819 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)% possible obs (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs
1.88-1.9560.82.04382489433
1.95-2.0374.32.745157211328
2.03-2.1290.24.067048713040
2.12-2.2397.15.99104714233
2.23-2.3798.17.959370014618
2.37-2.5598.510.749322814502
2.55-2.8199.114.599640414977
2.81-3.2199.519.449428614667
3.21-4.0499.827.369513214949
4.0498.933.899259814948

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.88→164.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 3.433 / SU ML: 0.052 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.081
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.7 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. POOR DENSITIES: THE DENSITY FOR 239 AND 240 ARE POOR. THE DENSITY IS AMBIGUOUS AT ARG 10 IN BOTH A AND B CHAINS, AS A RESULT, THE MODEL BUILT FOR THIS RESIDUE IS LESS RELIABLE. 4. A CHAIN OF DENSITY NEAR DIMER-DIMER INTERFACE (NEAR B178) IS TENATIVELY MODELLED AS A WATER CHAIN (151,167,171,205,223).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.165 3725 5 %RANDOM
Rwork0.142 ---
all0.143 74704 --
obs-70979 94.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.381 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→164.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3702 0 68 610 4380
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223989
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3181.9445445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8438027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8345505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9924.242198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.9215613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8281520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02868
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2935
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.23401
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.22067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22028
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0820.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2440.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.83632432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.563964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.83953841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.67681843
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.29111580
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3398 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.260.5
medium thermal0.752
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 181 -
Rwork0.231 3777 -
obs--68.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5305-0.3048-0.2290.52470.06960.6420.0318-0.0052-0.02230.021-0.0304-0.01150.0464-0.0202-0.0014-0.04640.0138-0.0001-0.0170.0269-0.0238117.36166.739235.988
20.6501-0.254-0.18550.4295-0.09220.403-0.011-0.07510.04430.0198-0.0016-0.039-0.05530.06210.0125-0.04360.00140.013-0.0060.0166-0.0056125.98899.737217.265
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA10 - 24022 - 252
2X-RAY DIFFRACTION2BB10 - 24022 - 252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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