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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a2g | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURES OF A2U-GLOBULIN AND ITS COMPLEX WITH A HYALINE DROPLET INDUCER. | ||||||
要素 | PROTEIN (ALPHA-2U-GLOBULIN) | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / LIPID-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of lipid metabolic process / pheromone binding / negative regulation of lipid biosynthetic process / odorant binding / energy reserve metabolic process / positive regulation of glucose metabolic process / insulin receptor activity / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid / negative regulation of lipid storage ...positive regulation of lipid metabolic process / pheromone binding / negative regulation of lipid biosynthetic process / odorant binding / energy reserve metabolic process / positive regulation of glucose metabolic process / insulin receptor activity / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid / negative regulation of lipid storage / heat generation / small molecule binding / locomotor rhythm / negative regulation of gluconeogenesis / mitochondrion organization / aerobic respiration / glucose homeostasis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / extracellular space / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Chaudhuri, B.N. / Kleywegt, G.J. / Jones, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: The structures of alpha 2u-globulin and its complex with a hyaline droplet inducer. 著者: Chaudhuri, B.N. / Kleywegt, G.J. / Bjorkman, J. / Lehman-McKeeman, L.D. / Oliver, J.D. / Jones, T.A. #1: ジャーナル: Adv.Protein Chem. / 年: 1994 タイトル: Lipid-Binding Proteins: A Family of Fatty Acid and Retinoid Transport Proteins 著者: Banaszak, L. / Winter, N. / Xu, Z. / Bernlohr, D.A. / Cowan, S.W. / Jones, T.A. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1992 タイトル: Pheromone Binding to Two Rodent Urinary Proteins Revealed by X-Ray Crystallography 著者: Bocskei, Z. / Groom, C.R. / Flower, D.R. / Wright, C.E. / Phillips, S.E.V. / Cavaggioni, A. / Findlay, J.B.C. / North, A.C.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2a2g.cif.gz | 127.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2a2g.ent.gz | 102.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2a2g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2a2g_validation.pdf.gz | 471.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2a2g_full_validation.pdf.gz | 482.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2a2g_validation.xml.gz | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2a2g_validation.cif.gz | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/2a2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/2a2g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20764.854 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM MALE RAT URINE / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Secretion: URINE / 参照: UniProt: P02761 #2: 化合物 | ChemComp-LEO / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.8 / 詳細: pH 4.80 | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→49 Å / Num. obs: 15350 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 91.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 49 Å / 冗長度: 3.2 % / Num. measured all: 49636 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AN ORTHORHOMBIC FORM OF A2U 解像度: 2.9→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: THE LIGAND WAS *NOT* INCLUDED IN THE REFINEMENT
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.398 / Rfactor Rwork: 0.321 |