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万見
- PDB-29hn: Crystal structure of Zika virus NS2B-NS3 protease determined via ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 29hn
タイトルCrystal structure of Zika virus NS2B-NS3 protease determined via sulfur phasing
要素
  • Serine protease NS3
  • Serine protease subunit NS2B
キーワードVIRAL PROTEIN / Zika Virus / NS2B-NS3 protease / Diamond Light Source / Beamline i23 / sulfur phasing / long wavelength / OpenBind Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell cytoplasm / protein-macromolecule adaptor activity / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / serine-type endopeptidase activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / virion attachment to host cell / GTP binding / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.774 Å
データ登録者Marples, P.G. / Duman, R. / Ebrahim, A. / Chinn, C.A. / Cooper, M.R. / Keates, T. / Chandran, A.V. / Ni, X. / Wang, S. / Williams, E. ...Marples, P.G. / Duman, R. / Ebrahim, A. / Chinn, C.A. / Cooper, M.R. / Keates, T. / Chandran, A.V. / Ni, X. / Wang, S. / Williams, E. / Koekemoer, L. / Fairhead, M. / Wagner, A. / Shotton, E.J. / Aschenbrenner, J.C. / von Delft, F. / OpenBind Consortium
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other governmentG2-SCH-2025-06-16537 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Zika virus NS2B-NS3 protease determined via sulfur phasing
著者: Marples, P.G. / Duman, R. / Ebrahim, A. / Chinn, C.A. / Cooper, M.R. / Keates, T. / Chandran, A.V. / Ni, X. / Wang, S. / Williams, E. / Koekemoer, L. / Fairhead, M. / Wagner, A. / Shotton, E. ...著者: Marples, P.G. / Duman, R. / Ebrahim, A. / Chinn, C.A. / Cooper, M.R. / Keates, T. / Chandran, A.V. / Ni, X. / Wang, S. / Williams, E. / Koekemoer, L. / Fairhead, M. / Wagner, A. / Shotton, E.J. / Aschenbrenner, J.C. / von Delft, F.
履歴
登録2026年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月22日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / pdbx_related_exp_data_set
Item: _audit_author.name / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease subunit NS2B
B: Serine protease NS3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1852
ポリマ－23,1852
非ポリマー00
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.541, 42.541, 215.365
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Serine protease subunit NS2B / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Non-structural protein 2B


分子量: 5067.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Zika virus NS2B co-factor region co-expressed with Zika virus NS3 protease
由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q32ZE1
#2: タンパク質 Serine protease NS3 / Flavivirin protease NS3 catalytic subunit / Non-structural protein 3


分子量: 18117.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q32ZE1, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.47 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, 0.2 M ammonium sulfate, 30 % w/v PEG2000

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データ収集

回折平均測定温度: 50 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 2.7552 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2026年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.7552 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.774→53.841 Å / Num. obs: 16590 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 42.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.009 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 1.774→1.855 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 1.159 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 829 / CC1/2: 0.885 / Rpim(I) all: 0.316 / Rrim(I) all: 1.207 / % possible all: 79.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
GDAデータ収集
Aimless0.8.2データスケーリング
CRANK2位相決定
autoPROCdata processing
STARANISOデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.774→53.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.183 / SU Rfree Blow DPI: 0.164 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.157
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2651 823 -RANDOM
Rwork0.2195 15766 --
obs0.2217 16589 81.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5835 Å20 Å20 Å2
2--1.5835 Å20 Å2
3----3.1671 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.286 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.774→53.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1474 0 0 119 1593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091538HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.012092HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d526SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes267HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1538HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion192SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1314SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.6
LS精密化 シェル解像度: 1.774→1.82 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3862 17 -
Rwork0.2782 388 -
obs--29.96 %
精密化 TLS

T12: -0.152 Å2 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5031.4426-0.26412.84461.10112.67110.3215-0.2243-0.15180.4661-0.2227-0.26460.23870.2932-0.09880.0259-0.1099-0.03980.0955-0.13917.174822.773619.3543
20.88090.7462-0.69740.6791-0.11171.19490.2815-0.1217-0.09010.1092-0.26270.062-0.06180.1572-0.01880.1057-0.0330.04780.0351-0.07212.712520.706415.6605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A50 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B17 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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