PDB-26za: Crystal structure of Cysteine-dependent hydrolase (CsdH) from Rho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 26za

タイトル

Crystal structure of Cysteine-dependent hydrolase (CsdH) from Rhodococcus opacus in complex with propylene glycol

要素

N-carbamoylsarcosine amidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Cysteine hydrolase

機能・相同性

: / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / S-1,2-PROPANEDIOL / N-carbamoylsarcosine amidohydrolase

機能・相同性情報

生物種

Rhodococcus opacus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Aggarwal, S. / Singh, S. / Aggarwal, D. / Sharma, A.K. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Cysteine-dependent hydrolases (CsdH) from Rhodococcus opacus
著者: Aggarwal, S. / Singh, S. / Jangid, K. / Aggarwal, D. / Sharma, A.K. / Kumar, P.

履歴

登録	2026年5月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2026年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	26za.cif.gz	763.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb26za.ent.gz	535.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	26za.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/6z/26za ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/6z/26za	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	26stC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-carbamoylsarcosine amidohydrolase

B: N-carbamoylsarcosine amidohydrolase

C: N-carbamoylsarcosine amidohydrolase

D: N-carbamoylsarcosine amidohydrolase

ヘテロ分子

95.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: N-carbamoylsarcosine amidohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
23.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: N-carbamoylsarcosine amidohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: N-carbamoylsarcosine amidohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: N-carbamoylsarcosine amidohydrolase

登録者が定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.708, 137.45, 190.309
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細 (eV)
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	PRO	PRO	2 - 218	2 - 218
2	1	1	SER	SER	PRO	PRO	2 - 218	2 - 218
3	2	2	SER	SER	PRO	PRO	2 - 218	2 - 218
4	2	2	SER	SER	PRO	PRO	2 - 218	2 - 218
5	3	3	ALA	ALA	VAL	VAL	8 - 217	8 - 217
6	3	3	ALA	ALA	VAL	VAL	8 - 217	8 - 217
7	4	4	SER	SER	PRO	PRO	2 - 218	2 - 218
8	4	4	SER	SER	PRO	PRO	2 - 218	2 - 218
9	5	5	ALA	ALA	VAL	VAL	8 - 217	8 - 217
10	5	5	ALA	ALA	VAL	VAL	8 - 217	8 - 217
11	6	6	ALA	ALA	VAL	VAL	8 - 217	8 - 217
12	6	6	ALA	ALA	VAL	VAL	8 - 217	8 - 217

NCSアンサンブル:

ID	詳細 (eV)
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	N-carbamoylsarcosine amidohydrolase 分子量: 23791.885 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus opacus (バクテリア) / 遺伝子: O4328_29535 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0ABT4NK74
#2: 化合物	ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL 分子量: 76.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M sodium malonate pH7.0 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2026年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→28.542 Å / Num. obs: 20682 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 20.9 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 38.3
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 2038 / CC_1/2: 0.977

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.8→28.542 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.88 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.856 / SU B: 41.466 / SU ML: 0.374 / 交差検証法: NONE / ESU R Free: 0.469 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2836	1044	5.054 %
R_work	0.2423	19614	-
all	0.244	-	-
obs	-	20658	99.643 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.426 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.611 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.274 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.885 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→28.542 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6548	0	15	29	6592

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	6668
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6402
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.715	1.814	9058
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.635	1.75	14692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.113	5	858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.24	5	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.275	10	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.875	10	284
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7946
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	6041
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	3310
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	3609
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.136	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.276	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.599	1.879	3444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.599	1.879	3444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.762	3.375	4298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.762	3.375	4299
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.335	1.952	3224
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.335	1.952	3225
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.344	3.566	4760
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.344	3.566	4761
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.429	18.396	7356
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.428	18.396	7355
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.059	0.05	6637
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.067	0.05	6632
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.079	0.05	6275
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.065	0.05	6647
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.079	0.05	6286
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.073	0.05	6328

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05945	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05945	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06657	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06657	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.079	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.079	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0646	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0646	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07913	0.05009
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07913	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07323	0.0501
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07323	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.872	0.368	66	0.326	1409	X-RAY DIFFRACTION	99.2598
2.872-2.95	0.357	66	0.32	1388	X-RAY DIFFRACTION	99.9313
2.95-3.034	0.355	78	0.279	1348	X-RAY DIFFRACTION	99.7901
3.034-3.127	0.331	67	0.268	1323	X-RAY DIFFRACTION	100
3.127-3.228	0.303	77	0.242	1234	X-RAY DIFFRACTION	99.8477
3.228-3.34	0.325	61	0.287	1254	X-RAY DIFFRACTION	99.924
3.34-3.464	0.289	55	0.271	1200	X-RAY DIFFRACTION	99.8409
3.464-3.603	0.328	61	0.282	1150	X-RAY DIFFRACTION	100
3.603-3.761	0.268	54	0.26	1101	X-RAY DIFFRACTION	99.9135
3.761-3.941	0.288	69	0.236	1051	X-RAY DIFFRACTION	100
3.941-4.149	0.3	46	0.262	1016	X-RAY DIFFRACTION	99.9059
4.149-4.395	0.287	62	0.239	944	X-RAY DIFFRACTION	99.9007
4.395-4.691	0.236	46	0.217	911	X-RAY DIFFRACTION	100
4.691-5.055	0.248	57	0.214	838	X-RAY DIFFRACTION	99.8884
5.055-5.521	0.284	29	0.201	793	X-RAY DIFFRACTION	99.8785
5.521-6.144	0.289	39	0.204	721	X-RAY DIFFRACTION	99.7375
6.144-7.04	0.287	44	0.194	634	X-RAY DIFFRACTION	100
7.04-8.494	0.153	28	0.153	561	X-RAY DIFFRACTION	99.8305

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0712	-0.0371	0.2417	4.4688	-0.1657	1.8379	0.0777	-0.0994	0.3569	0.1397	-0.0439	-0.2835	-0.2293	0.0565	-0.0338	0.0357	-0.0131	0.0096	0.1454	-0.0376	0.0667	24.0234	16.5305	5.8203
2	2.5414	0.592	0.2952	3.2934	-0.6721	1.2287	0.1273	0.1473	0.3401	-0.1967	-0.0025	0.5076	-0.1488	-0.0683	-0.1248	0.0687	0.0293	-0.0001	0.1923	-0.0049	0.1114	5.1697	14.7084	-9.6163
3	2.4101	-0.5816	0.6195	2.6417	0.1825	2.8569	-0.0796	-0.2248	-0.5009	0.1247	0.0188	-0.136	0.3893	0.1748	0.0608	0.4299	0.0447	0.1098	0.5637	0.0445	0.1654	-22.8547	16.2687	-38.7121
4	0.7487	-0.4824	-0.5267	5.1622	-1.1863	1.8309	0.1532	-0.0794	0.5245	0.3287	-0.0219	0.066	-0.4214	0.211	-0.1313	0.5239	0.0138	0.1761	0.5381	-0.0446	0.5634	-38.6528	47.3487	-37.3494

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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