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- PDB-256b: IMPROVEMENT OF THE 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION MODEL OF CYTOCHROME B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 256b
タイトルIMPROVEMENT OF THE 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION MODEL OF CYTOCHROME B562 BY REDETERMINING THE PRIMARY STRUCTURE AND USING MOLECULAR GRAPHICS
要素CYTOCHROME B562
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Hamada, K. / Bethge, P.H. / Mathews, F.S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Improvement of the 2.5 A resolution model of cytochrome b562 by redetermining the primary structure and using molecular graphics.
著者: Lederer, F. / Glatigny, A. / Bethge, P.H. / Bellamy, H.D. / Matthew, F.S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1979
タイトル: The Structure of Cytochrome B562 from Escherichia Coli at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Mathews, F.S. / Bethge, P.H. / Czerwinski, E.W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Location of the Iron Atom and the Non-Crystallographic Symmetry Elements in Cytochrome B562
著者: Czerwinski, E.W. / Mathews, F.S.
履歴
登録1990年1月16日処理サイト: BNL
置き換え1991年1月15日ID: 156B
改定 1.01991年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年8月27日Group: Derived calculations
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME B562
B: CYTOCHROME B562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2168
ポリマ－23,5982
非ポリマー1,6176
水2,972165
1
A: CYTOCHROME B562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6084
ポリマ－11,7991
非ポリマー8093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CYTOCHROME B562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6084
ポリマ－11,7991
非ポリマー8093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.710, 50.480, 32.730
Angle α, β, γ (deg.)102.76, 86.55, 106.70
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.0924, 0.21325, -0.97262), (0.22896, -0.94607, -0.22918), (-0.96904, -0.24387, 0.0386))

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME B562


分子量: 11799.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.3 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Lederer, F., (1981) J. Mol. Biol., 148, 427.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14.0 Mphosphate1drop
20.1 M1reserviorLiCl

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: PROFFT / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.4→6 Å / Rfactor obs: 0.164
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1652 0 106 165 1923
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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