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- PDB-23vy: Crystal structure of the mouse RORalpha ligand binding domain in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 23vy
タイトルCrystal structure of the mouse RORalpha ligand binding domain in fusion with an NRIP1 LXXLL peptide
要素Nuclear receptor ROR-alpha,undecapeptide
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor / ligand binding domain / cholesterol / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / cGMP metabolic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / cerebellar granule cell precursor proliferation / T-helper 17 cell differentiation / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / positive regulation of circadian rhythm ...SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / cGMP metabolic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / cerebellar granule cell precursor proliferation / T-helper 17 cell differentiation / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / muscle cell differentiation / regulation of smoothened signaling pathway / triglyceride homeostasis / negative regulation of fat cell differentiation / regulation of macrophage activation / regulation of glucose metabolic process / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / cellular response to interleukin-1 / intracellular receptor signaling pathway / nitric oxide biosynthetic process / xenobiotic metabolic process / cholesterol homeostasis / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / beta-catenin binding / negative regulation of inflammatory response / nuclear receptor activity / cellular response to tumor necrosis factor / transcription coactivator binding / angiogenesis / cellular response to hypoxia / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Nuclear receptor ROR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Li, X. / Im, Y.J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2023-00221356 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2026
タイトル: Structure of a chimeric ROR alpha ligand-binding domain in fusion with a RIP-140 coactivator peptide.
著者: Li, X. / Zhang, G. / Tan, L. / Chen, L. / Im, Y.J.
履歴
登録2026年2月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02026年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-alpha,undecapeptide
B: Nuclear receptor ROR-alpha,undecapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8744
ポリマ－61,1012
非ポリマー7732
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area22410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.804, 75.775, 81.661
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.040, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-alpha,undecapeptide / Nuclear receptor RZR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 1 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 1 / RAR-related orphan receptor A / Retinoid-related orphan receptor-alpha


分子量: 30550.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal Hexahistidine-tag and thrombin protease cleavage site are fused to the RORa LBD. The C-terminal residue 514 of the RORa LBD is fused to an undecapeptide, TLLQLLLGHKN, of NRIP1 ...詳細: The N-terminal Hexahistidine-tag and thrombin protease cleavage site are fused to the RORa LBD. The C-terminal residue 514 of the RORa LBD is fused to an undecapeptide, TLLQLLLGHKN, of NRIP1 via a dipeptide, GG, linker.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: Rora, Nr1f1, Rzra / プラスミド: pHIS2-Thr
詳細 (発現宿主): The N-terminal Hexahistidine-tag cleavable by thrombin protease
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P51448
#2: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M HEPES-NaOH pH 9.0, 0.2M tri-sodium citrate, 5% propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 16980 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 61.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.381 / Num. unique obs: 852

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Coot0.9.8.1モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→34.2 Å / SU ML: 0.3696 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.2212
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 1696 10 %
Rwork0.1814 15271 -
obs0.1882 16967 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→34.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4208 0 56 6 4270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00914350
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0565867
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009730
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.18681625
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.780.3811370.29431225X-RAY DIFFRACTION96.05
2.78-2.870.30821400.25621272X-RAY DIFFRACTION99.86
2.87-2.970.29491400.22811258X-RAY DIFFRACTION99.79
2.97-3.090.31171410.22261270X-RAY DIFFRACTION99.93
3.09-3.230.30661400.22341265X-RAY DIFFRACTION99.79
3.23-3.40.28581430.19871284X-RAY DIFFRACTION99.93
3.4-3.620.23781420.18871276X-RAY DIFFRACTION99.79
3.62-3.90.24391410.17921285X-RAY DIFFRACTION99.93
3.9-4.290.22891420.16371272X-RAY DIFFRACTION99.79
4.29-4.90.22261420.1521273X-RAY DIFFRACTION99.58
4.91-6.170.23681420.18751281X-RAY DIFFRACTION99.3
6.18-34.20.21861460.14911310X-RAY DIFFRACTION98.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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