PDB-239d: POLYMORPHISM IN LEFT HANDED DNA: THE CRYSTAL STRUCTURE OF D(CCCGGG)2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 239d

タイトル

POLYMORPHISM IN LEFT HANDED DNA: THE CRYSTAL STRUCTURE OF D(CCCGGG)2

要素

DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')

キーワード

DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX / MISMATCHED

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Karthe, P. / Krishnaswamy, S. / Gautham, N.

引用

ジャーナル: To be Published / 年: 1996
タイトル: Polymorphism in Left Handed DNA: The Crystal Structure of d(CCCGGG)2
著者: Karthe, P. / Krishnaswamy, S. / Gautham, N.

履歴

登録	1995年11月2日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1996年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年4月18日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	239d.cif.gz	15 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb239d.ent.gz	9.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	239d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/39/239d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/39/239d	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1dn4-d 1xa2-d 4fs5-d 400d-d 3f8o-d 4dwy-2 1i0t-d 3gda-d 292d-d 223d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')

3.62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	17.764, 30.925, 43.922
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPCPCPGPGPG)-3') 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 26.18 %

結晶化

温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.98
詳細: pH 6.98, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	BACL2	1	1
3	SPERMINE	1	1
4	NA CACODYLATE	1	1
5	WATER	1	2
6	MPD	1	2

-
データ収集

検出器	タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	Num. all: 1727 / Num. obs: 1704 / % possible obs: 44 %

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	精密化
NUCLSQ	精密化

精密化

解像度: 2.05→8 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数
R_free	0.352	-
R_work	0.212	-
obs	0.212	733

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	240	0	31	271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.03
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	5.7
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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