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- PDB-232d: THE HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA DECAMER D(AGGCATGCCT) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 232d
タイトルTHE HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA DECAMER D(AGGCATGCCT)
要素DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*CP*T)-3')
キーワードDNA / A-DNA / DOUBLE HELIX / FLIPPED-OUT BASES
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Nunn, C.M. / Neidle, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: The high resolution crystal structure of the DNA decamer d(AGGCATGCCT).
著者: Nunn, C.M. / Neidle, S.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: The Structure of Chain-linked DNA as a Possible Model for the Transcription Bubble
著者: Nunn, C.M. / Neidle, S.
履歴
登録1995年9月5日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,3673
ポリマ－3,0451
非ポリマー3222
水1,36976
1
A: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*CP*T)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7346
ポリマ－6,0902
非ポリマー6444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)32.700, 32.700, 78.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-16-

HOH

21A-41-

HOH

31A-76-

HOH

41A-77-

HOH

51A-85-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*CP*T)-3')


分子量: 3045.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.74 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3NA CACODYLATE11
4[CO(NH3)6]CL311
5NH4OH11
6WATER12
7MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 287 K / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
13 mMDNA1drop0.005ml in 30 mM sodium cacodylate
230 mMsodium cacodylate1drop
335 %(w/v)1drop0.005mlNH4OH
410 mMhexammine-pentanediol1drop0.003ml
550 %(v/v)MPD1drop0.002ml
650 %(v/v)MPD1reservoir
71

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 1.3 Å / Num. obs: 6494 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 19.2 Å / % possible obs: 98.2 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 1.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-93精密化
DENZOデータ削減
精密化解像度: 1.3→8 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 --
obs0.1385 6494 98.2 %
all-6494 -
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 202 14 76 292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-93 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.139
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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