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万見
- PDB-22xm: MexBYB-Ka symmetry-like -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 22xm
タイトルMexBYB-Ka symmetry-like
要素MexBYB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / RND / Chimera / Multidrug Efflux Pump
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Wang, J. / Nakagawa, A. / Yamashita, E.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJSP2138 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K19337 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23K23822 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structures of a MexB-MexY chimeric efflux pump reveal that large open clefts are intrinsic to the MexY porter domain.
著者: Jiye Wang / Kenta Tsutsumi / Mika Hirose / Ryosuke Nakashima / Takayuki Kato / Kunihiko Nishino / Atsushi Nakagawa / Eiki Yamashita /
要旨: RND-type multidrug-efflux pumps are major contributors to multidrug resistance in Gram-negative bacteria, with MexY from Pseudomonas aeruginosa playing a central role in aminoglycoside resistance. ...RND-type multidrug-efflux pumps are major contributors to multidrug resistance in Gram-negative bacteria, with MexY from Pseudomonas aeruginosa playing a central role in aminoglycoside resistance. Unlike other RND transporters, MexY exhibits unusually large open clefts in the binding and extrusion states. To determine whether this feature is intrinsic to its drug-recognition porter domain, we created a chimeric protein, MexBYB, by replacing the funnel-like and transmembrane domains of MexY with those of the homologous transporter MexB, and determined its structures by cryoEM under apo and kanamycin-supplemented conditions. Under both conditions, MexBYB was reported to adopt symmetric-like and asymmetric conformations. Structural comparisons reveal that the unusually large open clefts are retained in MexBYB, indicating that this feature is intrinsic to the MexY porter domain.
履歴
登録2026年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02026年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: MexBYB
C: MexBYB
A: MexBYB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)340,5623
ポリマ－340,5623
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 MexBYB


分子量: 113520.539 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MexB-MexY chimera protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
緩衝液
IDSpecimen-IDpH詳細
116.5150 mM NaCl, 10mM Kanamycin
226.510mM Kanamycin
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMSodium hydrogen phosphateNa2HPO41
220 mMSodium dihydrogen phosphateNaH2PO41
320 mMSodium hydrogen phosphateNa2HPO42
420 mMSodium dihydrogen phosphateNaH2PO42
試料
ID濃度 (mg/ml)Experiment-ID包埋シャドウイング染色凍結
11.81NONONOYES
22.21NONONOYES
試料支持
IDSpecimen-IDグリッドの材料グリッドのサイズ (divisions/in.)グリッドのタイプ
11COPPER300Quantifoil R1.2/1.3
22COPPER300Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結
ID装置凍結剤湿度 (%)Specimen-ID凍結前の試料温度 (K)Entry-ID
1FEI VITROBOT MARK IVETHANE88127722XM
2FEI VITROBOT MARK IVETHANE100227722XM

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
EM imaging

加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM / モデル: TFS KRIOS / モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm

IDSpecimen-ID
11
22
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1150FEI FALCON III (4k x 4k)
2250FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.7.0粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
15cryoSPARC4.7.0３次元再構成
画像処理詳細: We mixed data (1) and (2) to reconstruct.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 163530 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.55 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00323127
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.64831391
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.2613210
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0413623
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054022

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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