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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 22vh | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The assembled CPC trimer | ||||||
Components |
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Keywords | PHOTOSYNTHESIS / Phycocyanin / light-harvesting / energy-transfer | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationphycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Zhao, x. / Zhu, j.x. / Xue, c.y. / Zheng, x.y. / Zhao, k.h. | ||||||
| Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Biochim Biophys Acta Bioenerg / Year: 2026Title: Biosynthesis of C-phycocyanin trimers. Authors: Zhao, X. / Zhu, J.X. / Li, G.C. / Zhao, K.H. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 22vh.cif.gz | 945.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb22vh.ent.gz | 661.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 22vh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/2v/22vh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/2v/22vh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 21526.016 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (bacteria)Gene: cpcA, alr0529 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 18403.758 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (bacteria)Gene: cpcB, alr0528 / Production host: ![]() #3: Chemical | ChemComp-CYC / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.76 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M tribasic sodium citrate dihydrate (pH 5.5) and 18% w/v polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL02U1 / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 9, 2025 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5→54.27 Å / Num. obs: 78269 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.55 Å / Num. unique obs: 6070 / CC1/2: 0.999 / % possible all: 99.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→54.27 Å / SU ML: 0.2807 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.5453 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 35.98 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→54.27 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
China, 1items
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PDBj

