+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 222d | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | INFLUENCE OF COUNTER-IONS ON THE CRYSTAL STRUCTURES OF DNA DECAMERS: BINDING OF [CO(NH3)6]3+ AND BA2+ TO A-DNA | ||||||||||||||||||
![]() | DNA/RNA (5'-R(*![]() DNA/RNA / A-DNA/RNA / DOUBLE HELIX / DNA-RNA complex | 機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / DNA/RNA hybrid | ![]() 手法 | ![]() ![]() Gao, Y.-G. / Robinson, H. / Van Boom, J.H. / Wang, A.H.-J. | ![]() ![]() タイトル: Influence of counter-ions on the crystal structures of DNA decamers: binding of [Co(NH3)6]3+ and Ba2+ to A-DNA. 著者: Gao, Y.G. / Robinson, H. / van Boom, J.H. / Wang, A.H. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 24.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 14.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 338.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 350.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 3077.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.57 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 1274 |
反射 | *PLUS Num. obs: 3720 / Rmerge(I) obs: 0.064 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 最高解像度: 1.9 Å / σ(F): 4 /
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: n_bond_d / Dev ideal: 0.016 |