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- PDB-21ig: Crystal structure of terpeniod cyclase SpSODS from rhizobacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 21ig
タイトルCrystal structure of terpeniod cyclase SpSODS from rhizobacterium Serratia plymuthica
要素Terpene synthase
キーワードLYASE / terpeniod cyclase / sodorifen synthase / SpSODS
機能・相同性付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / Terpene cyclase-like 2 / terpene synthase activity / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / metal ion binding / Terpene synthase
機能・相同性情報
生物種Serratia plymuthica 4Rx13 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Li, X.Q. / Zheng, Y. / Zhang, L.L. / Huang, J.-W. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2026
タイトル: Structure and catalytic mechanism of C 16 terpenoid cyclase SpSODS from Serratia plymuthica.
著者: Li, X. / Zhang, L. / Zheng, Y. / Pan, N. / Zhou, Z. / Huang, Y. / Liang, Q. / Huang, J.W. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
履歴
登録2025年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terpene synthase
B: Terpene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7044
ポリマ－84,5192
非ポリマー1842
水10,611589
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area24750 Å2
手法PISA
2
A: Terpene synthase
ヘテロ分子

B: Terpene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7044
ポリマ－84,5192
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1/2,-y,z+1/21
Buried area2640 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area27300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.124, 74.874, 142.237
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Terpene synthase / Sodorifen synthase SpSODS


分子量: 42259.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence of organism Saccharomyces cerevisiae is not available during the biocuration, replaced by A0A318P116 temporarily.
由来: (組換発現) Serratia plymuthica 4Rx13 (バクテリア)
遺伝子: CT690_00725 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A318P116, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 26% (w/v) Polyacrylic acid 5100, 0.1 M HEPES, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34138 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→34.53 Å / Num. obs: 36781 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.22→2.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1884 / CC1/2: 0.818

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
SAINTデータスケーリング
PDB_EXTRACTデータ抽出
SAINTデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→33.13 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2476 1845 5.09 %RANDOM
Rwork0.1707 ---
obs0.1745 36226 98.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→33.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5397 0 12 589 5998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8487504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.79743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049795
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008981
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.22-2.280.30981430.22132484X-RAY DIFFRACTION94
2.28-2.350.26871330.20762546X-RAY DIFFRACTION96
2.35-2.420.26261450.2042574X-RAY DIFFRACTION98
2.42-2.510.27371310.1892616X-RAY DIFFRACTION99
2.51-2.610.26771440.1862635X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.730.28471510.19462653X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.870.26351340.19392658X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.050.28581510.19032649X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.290.24781480.17472679X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.620.25221480.16572668X-RAY DIFFRACTION100
3.62-4.140.25131220.13572719X-RAY DIFFRACTION100
4.14-5.210.18451490.1362731X-RAY DIFFRACTION100
5.21-33.130.20851460.16432769X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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