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万見
- PDB-218d: THE STRUCTURE OF A NEW CRYSTAL FORM OF A DNA DODECAMER CONTAINING... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 218d
タイトルTHE STRUCTURE OF A NEW CRYSTAL FORM OF A DNA DODECAMER CONTAINING T.(O6ME)G BASE PAIRS
要素DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*(6OG)P*CP*G)-3')
キーワードDNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED / MISMATCHED
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Vojtechovsky, J. / Eaton, M.D. / Gaffney, B. / Jones, R. / Berman, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Structure of a new crystal form of a DNA dodecamer containing T.(O6Me)G base pairs.
著者: Vojtechovsky, J. / Eaton, M.D. / Gaffney, B. / Jones, R. / Berman, H.M.
履歴
登録1995年7月18日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*(6OG)P*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*(6OG)P*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3852
ポリマ－7,3852
非ポリマー00
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)22.120, 38.810, 64.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*(6OG)P*CP*G)-3')


分子量: 3692.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.36 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3MGCL211
4NA CACODYLATE11
5WATER12
6MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.0 mMDNA1drop
220 mMsodium cacodylate1drop
320 mM1dropMgCl2
415 %MPD1drop
530 %MPD1reservoir
61

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データ収集

回折Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 1.97 Å / Num. all: 4218 / Num. obs: 2387 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.97 Å / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.25→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.167 -
obs0.167 2040
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 488 2 74 564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.81
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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