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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 216d | ||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURES OF THE B-FORM DNA-RNA CHIMER (5'-D(*IP*)-R(*CP*)-D(*IP*CP*IP*CP*IP*C)-3') COMPLEXED WITH DISTAMYCIN | ||||||||||||||||||
![]() | DNA/RNA (5'-D(*![]() DNA-RNA HYBRID / B-DNA/RNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / MODIFIED | 機能・相同性 | DISTAMYCIN A / DNA/RNA hybrid | ![]() 手法 | ![]() ![]() Chen, X. / Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structures of B-form DNA-RNA chimers complexed with distamycin. 著者: Chen, X. / Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 14 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 2384.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-DMY / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.38 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.73 Å / Num. all: 10170 / Num. obs: 2556 / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.73 Å / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 10170 |
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解析
ソフトウェア | 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.73→8 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.73 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |