PDB-213d: CRYSTAL STRUCTURE OF THE A-DNA DECAMER D(CCIGGCCM5CGG) AT 1.6 ANG...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 213d

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE A-DNA DECAMER D(CCIGGCCM5CGG) AT 1.6 ANGSTROMS SHOWING THE UNEXPECTED WOBBLE I.M5C BASE PAIR

要素

DNA (5'-D(*CP*CP*IP*GP*GP*CP*CP*(5CM)P*GP*G)-3')

キーワード

DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the A-DNA decamer d(CCIGGCCm5CGG) at 1.6 A showing the unexpected wobble I.m5C base pair.
著者: Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M.

履歴

登録	1995年6月28日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1996年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	213d.cif.gz	21.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb213d.ent.gz	14.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	213d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/13/213d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/13/213d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	394d-d 240d-d 393d-d 7bpv-d 161d-d 160d-d 414d-2 1evp-d 4izq-d 137d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*CP*IP*GP*GP*CP*CP*(5CM)P*GP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*CP*IP*GP*GP*CP*CP*(5CM)P*GP*G)-3')

6.09 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	25.020, 44.950, 47.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPCPIPGPGPCPCP(5CM)PGPG)-3') 分子量: 3045.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.03 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	NA CACODYLATE	1	1
4	SPERMINE_HCL	1	1
5	WATER	1	2
6	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

pH: 7

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	2 mM	DNA	1	drop
2	40 mM	sodium cacodylate	1	drop
3	5 mM	spermine tetrachloride	1	drop
4	50 %(v/v)	MPD	1	reservoir
5			1
6			1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 290 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: SIEMENS / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 1.6 Å / Num. all: 21000 / Num. obs: 6143
反射	PLUS 最高解像度: 1.6 Å / % possible obs: 86 % / Num. measured all: 21000 / R_merge(I) obs*: 0.021

-
解析

ソフトウェア

名称:

X-PLOR / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.6→8 Å / σ(F): 3 /

	R_factor	反射数
R_work	0.163	-
obs	0.163	5119

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	402	2	103	507

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	3.6
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 3

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_deg	31.9
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_deg	3.1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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