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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 212d | ||||||||||||||||||
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タイトル | INFLUENCE OF COUNTER-IONS ON THE CRYSTAL STRUCTURES OF DNA DECAMERS: BINDING OF [CO(NH3)6]3+ AND BA2+ TO A-DNA | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() ![]() ![]() ![]() 機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / | ![]() ![]() 手法 | ![]() ![]() Gao, Y.-G. / Robinson, H. / Van Boom, J.H. / Wang, A.H.-J. | ![]() ![]() タイトル: Influence of counter-ions on the crystal structures of DNA decamers: binding of [Co(NH3)6]3+ and Ba2+ to A-DNA. 著者: Gao, Y.G. / Robinson, H. / van Boom, J.H. / Wang, A.H. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 18 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 10.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 220dC ![]() 221dC ![]() 222dC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.19 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 2163 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.066 |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 1.9 Å / σ(F): 4 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / σ(F): 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: n_bond_d / Dev ideal: 0.021 |