+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 208l | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MUTANT HUMAN LYSOZYME C77A | ||||||
![]() | LYSOZYME | ||||||
![]() | COMPLEX (HYDROLASE (O-GLYCOSYL)/CYS) / COMPLEX (HYDROLASE (O-GLYCOSYL)-CYS) / MUTANT HUMAN LYSOZYME / HYDROLASE / COMPLEX (HYDROLASE (O-GLYCOSYL)-CYS) complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytolysis / metabolic process / antimicrobial humoral response / retina homeostasis / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity ...cytolysis / metabolic process / antimicrobial humoral response / retina homeostasis / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Matsushima, M. / Song, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A role of PDI in the reductive cleavage of mixed disulfides. 著者: Nakamura, S. / Matsushima, M. / Song, H. / Kikuchi, M. #1: ![]() タイトル: Structure of a Glutathionylated Human Lysozyme: A Folding Intermediate Mimic in the Formation of a Disulfide Bond 著者: Inaka, K. / Miki, K. / Kikuchi, M. / Taniyama, Y. / Matsushima, M. #2: ![]() タイトル: Pdi and Glutathione-Mediated Reduction of the Glutathionylated Variant of Human Lysozyme 著者: Hayano, T. / Inaka, K. / Otsu, M. / Taniyama, Y. / Miki, K. / Matsushima, M. / Kikuchi, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 25.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14688.627 Da / 分子数: 1 / 変異: C77A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CYS / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.27 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 280 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年2月1日 / 詳細: MIRROR-MIRROR |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→100 Å / Observed criterion σ(I): 2 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NATIVE HUMAN LYSOZYME 解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 2 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |