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- PDB-1zvu: Structure of the full-length E. coli ParC subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zvu
タイトルStructure of the full-length E. coli ParC subunit
要素Topoisomerase IV subunit A
キーワードISOMERASE / beta-pinwheel / ATPase / supercoiling / decatenation / DNA binding / DNA topology
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid partitioning / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / sister chromatid cohesion / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding ...plasmid partitioning / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / sister chromatid cohesion / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV, subunit A, Gram-negative / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta ...DNA topoisomerase IV, subunit A, Gram-negative / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 4 subunit A / DNA topoisomerase 4 subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Corbett, K.D. / Schoeffler, A.J. / Thomsen, N.D. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The Structural Basis for Substrate Specificity in DNA Topoisomerase IV.
著者: Corbett, K.D. / Schoeffler, A.J. / Thomsen, N.D. / Berger, J.M.
履歴
登録2005年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Topoisomerase IV subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7701
ポリマ－79,7701
非ポリマー00
水63135
1
A: Topoisomerase IV subunit A

A: Topoisomerase IV subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,5392
ポリマ－159,5392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)257.990, 62.141, 63.998
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a dimer generated by the two-fold axis: -x, -y-1, z

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要素

#1: タンパク質 Topoisomerase IV subunit A


分子量: 79769.727 Da / 分子数: 1 / 断片: ParC27 (residues 27-742) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: parC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P20082, UniProt: P0AFI2*PLUS, EC: 5.99.1.-
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES, NaCl, glycerol, PEG-6000, 1,3-butanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1157 / 波長: 1.1157 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月26日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1157 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 19320 / Num. obs: 19320 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1890 / Rsym value: 0.387 / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1AB4 (E. coli GyrA NTD), related entry 1ZVT (E. coli ParC CTD)

1ab4

1zvt


解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 44.648 / SU ML: 0.376 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.511 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29583 992 5.2 %RANDOM
Rwork0.24036 ---
all0.24323 18167 --
obs0.24323 18167 89.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.027 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.99 Å20 Å20 Å2
2--2.51 Å20 Å2
3----3.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5367 0 0 35 5402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225454
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0871.9917368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9785681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.8323.837245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.714151014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3881553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024074
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.22442
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.23644
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3861.53522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6825511
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.71932138
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2684.51857
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 63 -
Rwork0.355 1303 -
obs--88.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1367-0.72680.01051.23040.03431.5134-0.0269-0.11470.03160.03670.0292-0.04350.0326-0.0563-0.0023-0.09740.0759-0.0162-0.0970.0043-0.0844-20.45772.7782-13.8809
23.4197-1.75020.14654.85342.00416.0805-0.041-0.091-0.02490.27480.01910.2002-0.1016-0.26420.0219-0.18960.0870.0125-0.09370.0585-0.1284-37.922611.533714.1215
31.0641-1.7107-1.1313.87651.28622.8501-0.0373-0.0727-0.063-0.3905-0.0560.1361-0.09370.20770.0933-0.04960.0829-0.0191-0.09110.0082-0.0813-7.1714-17.8015-50.7721
42.7153-1.10970.78932.2877-0.5641.5559-0.1295-0.1923-0.24270.18430.09370.0781-0.0370.02060.0358-0.1346-0.05540.07220.0292-0.0077-0.0485-60.432447.493914.2785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA28 - 2402 - 214
2X-RAY DIFFRACTION1AA324 - 358298 - 332
3X-RAY DIFFRACTION1AA454 - 484428 - 458
4X-RAY DIFFRACTION2AA241 - 323215 - 297
5X-RAY DIFFRACTION2AA485 - 495459 - 469
6X-RAY DIFFRACTION3AA359 - 453333 - 427
7X-RAY DIFFRACTION4AA496 - 740470 - 714

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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