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- PDB-1zuj: The crystal structure of the Lactococcus lactis MG1363 DpsA protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zuj
タイトルThe crystal structure of the Lactococcus lactis MG1363 DpsA protein
要素hypothetical protein Llacc01001955
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Oxidative stress / Dps / DNA binding / Lactic acid bacteria
機能・相同性Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Up-down Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Stillman, T.J. / Upadhyay, M. / Norte, V.A. / Sedelnikova, S.E. / Carradus, M. / Tzokov, S. / Bullough, P.A. / Shearman, C.A. / Gasson, M.J. / Williams, C.H. ...Stillman, T.J. / Upadhyay, M. / Norte, V.A. / Sedelnikova, S.E. / Carradus, M. / Tzokov, S. / Bullough, P.A. / Shearman, C.A. / Gasson, M.J. / Williams, C.H. / Artymiuk, P.J. / Green, J.
引用
ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2005
タイトル: The crystal structures of Lactococcus lactis MG1363 Dps proteins reveal the presence of an N-terminal helix that is required for DNA binding.
著者: Stillman, T.J. / Upadhyay, M. / Norte, V.A. / Sedelnikova, S.E. / Carradus, M. / Tzokov, S. / Bullough, P.A. / Shearman, C.A. / Gasson, M.J. / Williams, C.H. / Artymiuk, P.J. / Green, J.
#1: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1999
タイトル: Two operons that encode FNR-like proteins in Lactococcus lactis
著者: Gostick, D.O. / Griffin, H.G. / Shearman, C.A. / Scott, C. / Green, J. / Gasson, M.J. / Guest, J.R.
履歴
登録2005年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein Llacc01001955
B: hypothetical protein Llacc01001955
C: hypothetical protein Llacc01001955
D: hypothetical protein Llacc01001955


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8074
ポリマ－83,8074
非ポリマー00
水81145
1
A: hypothetical protein Llacc01001955
B: hypothetical protein Llacc01001955
C: hypothetical protein Llacc01001955
D: hypothetical protein Llacc01001955

A: hypothetical protein Llacc01001955
B: hypothetical protein Llacc01001955
C: hypothetical protein Llacc01001955
D: hypothetical protein Llacc01001955

A: hypothetical protein Llacc01001955
B: hypothetical protein Llacc01001955
C: hypothetical protein Llacc01001955
D: hypothetical protein Llacc01001955


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,42012
ポリマ－251,42012
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area38500 Å2
ΔGint-180 kcal/mol
Surface area79310 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)131.840, 131.840, 325.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-188-

HOH

詳細The biological assembly is a dodecamer generated from the tetramer in the asymmetric unit by the operations: 2-y, x-y, z and 2-x+y, 2-x, z.

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要素

#1: タンパク質
hypothetical protein Llacc01001955


分子量: 20951.639 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株: MG1363 / 遺伝子: flpA / プラスミド: pET28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.7M ammonium sulphate, 0.1M HEPES/Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSRS PX14.111.488
シンクロトロンSRS PX14.121.488
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2001年12月5日Mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2001年12月5日Mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→15 Å / Num. all: 22949 / Num. obs: 22949 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 77.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 3298 / Rsym value: 0.382 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ZS3

1zs3


解像度: 2.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 21.27 / SU ML: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.524 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32216 1098 5.2 %RANDOM
Rwork0.25256 ---
all0.25622 20210 --
obs0.25622 20210 87.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.953 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.35 Å20.67 Å20 Å2
2--1.35 Å20 Å2
3----2.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5544 0 0 45 5589
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225668
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5661.9547636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.933311812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.1145668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021152
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2530.21644
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.26294
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.23524
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2770.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2110.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0210.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5041.53344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.97325376
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.22432324
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1734.52260
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.457 72
Rwork0.326 1270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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