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- PDB-1zr9: Solution Structure of a Human C2H2-type Zinc Finger Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zr9
タイトルSolution Structure of a Human C2H2-type Zinc Finger Protein
要素Zinc finger protein 593
キーワードTRANSCRIPTION / zinc finger / DNA binding / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / preribosome binding / ribosome biogenesis / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / Classic Zinc Finger / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Double Stranded RNA Binding Domain / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...: / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / Classic Zinc Finger / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Double Stranded RNA Binding Domain / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein 593
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Automated methods were used for backbone chemical shift assignment, iterative NOE refinement. Final structures were obtained by molecular dynamics in explicit solvent.
データ登録者Lytle, B.L. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: The solution structure of ZNF593 from Homo sapiens reveals a zinc finger in a predominantly unstructured protein.
著者: Hayes, P.L. / Lytle, B.L. / Volkman, B.F. / Peterson, F.C.
履歴
登録2005年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein 593
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2552
ポリマ－14,1901
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger protein 593 / Zinc finger protein T86 / zinc finger protein LOC51042


分子量: 14189.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: WHEAT GERM CELL-FREE, IN VITRO EXPRESSION / 遺伝子: ZNF593 / プラスミド: pEU(N)HIS6 / 発現宿主: CELL-FREE SYNTHESIS (未定義) / 参照: UniProt: O00488
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
1313D 13C-separated NOESY (AROMATIC)
NMR実験の詳細Text: All triple-resonance and NOESY spectra were acquired using a cyrogenic probe

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試料調製

詳細内容: 0.6 mM ZNF593 U-15N,13C, 10 mM Bis Tris, 100 mM NaCl, 2 mM DTT, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
NMRPipe2004F. Delaglio解析
SPSCAN1.1.0R.W. Glaserデータ解析
XEASY1.3C. Bartelsデータ解析
GARANT2.1C. Bartelsデータ解析
CYANA1.0.6T. Herrmann, P. Guentert, K. Wuethrich構造決定
XPLOR-NIH2.0.6G. Marius Clore精密化
精密化手法: Automated methods were used for backbone chemical shift assignment, iterative NOE refinement. Final structures were obtained by molecular dynamics in explicit solvent.
ソフトェア番号: 1
詳細: Residues 1-27 and 95-116 of the construct were disordered and were excluded from the model. After initial calculations without zinc, the zinc atom was constrained in a tetrahedral geometry ...詳細: Residues 1-27 and 95-116 of the construct were disordered and were excluded from the model. After initial calculations without zinc, the zinc atom was constrained in a tetrahedral geometry using distance restraints to each coordinating CYS SG and HIS NE2 of 2.3 A and 2.0 A, respectively.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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