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万見
- PDB-1zps: Crystal structure of Methanobacterium thermoautotrophicum phospho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zps
タイトルCrystal structure of Methanobacterium thermoautotrophicum phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase HisI
要素Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase
キーワードHYDROLASE / histidine biosynthesis / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase / phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase activity / phosphoribosyl-ATP diphosphatase activity / L-histidine biosynthetic process / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase / Rhinovirus 14, subunit 4 - #70 / Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase / Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase domain / Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase domain superfamily / Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase / Rhinovirus 14, subunit 4 / Few Secondary Structures / Irregular / Ubiquitin-like (UB roll) ...Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase / Rhinovirus 14, subunit 4 - #70 / Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase / Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase domain / Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase domain superfamily / Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase / Rhinovirus 14, subunit 4 / Few Secondary Structures / Irregular / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / : / Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sivaraman, J. / Myers, R.S. / Boju, L. / Sulea, T. / Cygler, M. / Davisson, V.J. / Schrag, J.D. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of Methanobacterium thermoautotrophicum Phosphoribosyl-AMP Cyclohydrolase HisI.
著者: Sivaraman, J. / Myers, R.S. / Boju, L. / Sulea, T. / Cygler, M. / Davisson, V.J. / Schrag, J.D.
履歴
登録2005年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase
B: Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,39726
ポリマ－30,9612
非ポリマー2,43624
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area11620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.783, 54.358, 117.362
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase / PRA-CH


分子量: 15480.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
遺伝子: hisI / プラスミド: pLB1-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold-Magik / 参照: UniProt: O26347, phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM CdSO4, 1.6 M Na Acetate, 10% (w/v) glycerol, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.0091 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月26日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0091 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→39.9 Å / Num. all: 54081 / Num. obs: 47949 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 8900 / Rsym value: 0.126 / % possible all: 70.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→39.9 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.235 2338 random
Rwork0.207 --
all0.208 54081 -
obs0.208 47531 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.03 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1983 0 19 155 2157
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.19
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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