PDB-1znn: Structure of the synthase subunit of PLP synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1znn

タイトル

Structure of the synthase subunit of PLP synthase

要素

PLP SYNTHASE

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / TIM BARREL

機能・相同性

機能・相同性情報

pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / amino acid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zhu, J. / Burgner, J.W. / Harms, E. / Belitsky, B.R. / Smith, J.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: A New Arrangement of (beta/alpha)8 Barrels in the Synthase Subunit of PLP Synthase.
著者: Zhu, J. / Burgner, J.W. / Harms, E. / Belitsky, B.R. / Smith, J.L.

履歴

登録	2005年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE The sequence of the protein has not been deposited into any sequence database.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1znn.cif.gz	321.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1znn.ent.gz	257.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1znn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1znn_validation.pdf.gz	473 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1znn_full_validation.pdf.gz	491.9 KB	表示
XML形式データ	1znn_validation.xml.gz	31.8 KB	表示
CIF形式データ	1znn_validation.cif.gz	54.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/1znn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/1znn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4wxz-1 4wy0-d 4jdy-1 2nv1-1 4adt-1 5lnr-1 5lnu-1 5k2z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PLP SYNTHASE

B: PLP SYNTHASE

C: PLP SYNTHASE

D: PLP SYNTHASE

E: PLP SYNTHASE

F: PLP SYNTHASE

ヘテロ分子

212 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PLP SYNTHASE

B: PLP SYNTHASE

C: PLP SYNTHASE

D: PLP SYNTHASE

E: PLP SYNTHASE

F: PLP SYNTHASE

ヘテロ分子

A: PLP SYNTHASE

B: PLP SYNTHASE

C: PLP SYNTHASE

D: PLP SYNTHASE

E: PLP SYNTHASE

F: PLP SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
424 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.531, 163.917, 186.804
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2889- HOH
2	1	A-3216- HOH
3	1	A-3218- HOH
4	1	B-2890- HOH
5	1	D-2954- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 20 - 271 / Label seq-ID: 51 - 302

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

#1: タンパク質	PLP SYNTHASE 分子量: 35025.188 Da / 分子数: 6 / 断片: SYNTHASE SUBUNIT / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 参照: UniProt: Q5L3Y2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: PEG 8000, (NH4)2SO4, cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月17日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 125880 / Num. obs: 125880 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→49.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 7.618 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19804	6320	5 %	RANDOM
R_work	0.15925	-	-	-
all	0.198	125880	-	-
obs	0.16117	119560	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.211 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.97 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11034	0	108	1507	12649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	11268
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.564	1.979	15228
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.047	5	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.378	24.051	474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.465	15	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.639	15	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.4	6172
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.5	7836
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.55	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.347	0.4	150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.352	0.55	167
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.896	1.5	7468
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.431	2	11610
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.587	3	4162
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.11	4.5	3618
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1826 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.21	1
2	B	medium positional	0.35	1
3	C	medium positional	0.22	1
4	D	medium positional	0.28	1
5	E	medium positional	0.33	1
6	F	medium positional	0.25	1
1	A	medium thermal	2.61	5
2	B	medium thermal	3.06	5
3	C	medium thermal	2.75	5
4	D	medium thermal	2.91	5
5	E	medium thermal	4.6	5
6	F	medium thermal	1.99	5

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	475	-
R_work	0.215	8760	-
obs	-	-	99.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8137	-0.1281	-0.076	1.1229	-0.6959	1.608	-0.0263	-0.1729	0.0175	0.1607	0.0218	0.1573	-0.0449	-0.3417	0.0045	-0.3502	-0.0436	0.0058	-0.1838	-0.0035	-0.2578	4.782	38.186	20.77
2	1.5928	0.5302	0.2511	1.4946	-0.2302	0.6914	0.0053	-0.0054	0.2062	0.075	-0.006	0.1377	-0.1298	-0.0601	0.0007	-0.2934	0.0004	0.0035	-0.3994	0.0171	-0.2457	32.389	62.855	9.124
3	1.3228	-0.0157	0.9918	1.1284	-0.0392	2.7133	-0.0862	-0.3568	0.4273	0.1918	-0.0002	0.0281	-0.5611	-0.038	0.0865	-0.0217	-0.0783	-0.0054	-0.243	-0.1731	-0.0463	53.557	82.11	34.992
4	0.7069	0.5826	-0.4213	1.1709	-0.6441	2.3733	0.1741	-0.3664	0.4173	0.3593	-0.1165	0.1999	-0.5575	-0.1309	-0.0576	0.1096	-0.0639	0.0549	0.3535	-0.3036	0.0792	46.907	76.398	72.605
5	1.4378	-0.5942	-0.5823	0.283	0.2131	1.2146	0.1436	-0.4762	-0.1947	-0.0299	0.0255	0.303	-0.1597	-0.017	-0.1691	-0.0694	-0.0395	-0.0046	0.5994	-0.0615	0.0827	19.675	51.244	84.262
6	1.2741	0.1345	-0.084	0.599	0.4585	2.6949	-0.0367	-0.3639	0.0662	0.1821	-0.0216	0.1237	-0.0728	-0.4924	0.0584	-0.2059	-0.0656	0.0851	0.3729	0.0722	-0.1139	-1.581	32.098	58.38

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	18 - 271	49 - 302
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	18 - 271	49 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	18 - 271	49 - 302
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	18 - 271	49 - 302
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	18 - 271	49 - 302
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	18 - 271	49 - 302

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