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- PDB-1znm: A zinc finger with an artificial beta-turn, original sequence tak... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1znm
タイトルA zinc finger with an artificial beta-turn, original sequence taken from the third zinc finger domain of the human transcriptional repressor protein YY1 (YING and YANG 1, a delta transcription factor), nmr, 34 structures
要素YY1
キーワードZINC FINGER / ZN-BTD(7 / 8)-3YY1 / BETA-TURN MIMETIC / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


response to prostaglandin F / RNA localization / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / PcG protein complex / camera-type eye morphogenesis / negative regulation of interferon-beta production / chromatin silencing complex / Ino80 complex ...response to prostaglandin F / RNA localization / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / PcG protein complex / camera-type eye morphogenesis / negative regulation of interferon-beta production / chromatin silencing complex / Ino80 complex / response to UV-C / anterior/posterior pattern specification / DNA-binding transcription repressor activity / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / regulation of chromosome organization / regulation of DNA replication / SMAD binding / regulation of embryonic development / cellular response to interleukin-1 / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of DNA repair / four-way junction DNA binding / telomere maintenance / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / positive regulation of DNA repair / B cell differentiation / negative regulation of miRNA transcription / double-strand break repair via homologous recombination / DNA Damage Recognition in GG-NER / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear matrix / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / cellular response to UV / UCH proteinases / sequence-specific double-stranded DNA binding / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / regulation of cell cycle / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
C2H2-type Zinc finger protein, YY1-like / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional repressor protein YY1
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Viles, J.H. / Patel, S.U. / Mitchell, J.B.O. / Moody, C.M. / Justice, D.E. / Uppenbrink, J. / Doyle, P.M. / Harris, C.J. / Sadler, P.J. / Thornton, J.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Design, synthesis and structure of a zinc finger with an artificial beta-turn.
著者: Viles, J.H. / Patel, S.U. / Mitchell, J.B. / Moody, C.M. / Justice, D.E. / Uppenbrink, J. / Doyle, P.M. / Harris, C.J. / Sadler, P.J. / Thornton, J.M.
履歴
登録1997年11月20日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YY1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2992
ポリマ－3,2341
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)34 / 100NO NOE VIOLATIONS ABOVE 0.2 ANGSTROM AND 5 DEGREE DIHEDRAL ANGLE
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド YY1 / ZN-BTD(7 / 8)-3YY1


分子量: 3233.828 Da / 分子数: 1 / 断片: ZINC FINGER DNA BINDING DOMAIN 3 FROM YY1 / 由来タイプ: 合成
詳細: SEQUENCE SYNTHESISED USING FMOC CHEMISTRY, WITH BETA-TURN MIMETIC BTD IN POSITIONS 7 AND 8
参照: UniProt: P25490
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111ROESY
121NOESY
131COSY
141TOCSY

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試料調製

試料状態pH: 6 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX6001
Varian VXR600VarianVXR6006002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR3.851位相決定
NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING AN AB-INITIO SIMULATED ANNEALING PROTOCOL ESSENTIALLY AS SUPPLIED WITH X-PLOR 3.851, STARTING FROM STRUCTURES WITH RANDOMIZED PHI AND PSI ANGLES. THE ZINC ...詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING AN AB-INITIO SIMULATED ANNEALING PROTOCOL ESSENTIALLY AS SUPPLIED WITH X-PLOR 3.851, STARTING FROM STRUCTURES WITH RANDOMIZED PHI AND PSI ANGLES. THE ZINC ION WAS INCORPORATED WITH THE APPROPRIATE GEOMETRIC CONSTRAINTS TO PRODUCE TETRAHEDRAL ZINC CO-ORDINATION.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO NOE VIOLATIONS ABOVE 0.2 ANGSTROM AND 5 DEGREE DIHEDRAL ANGLE
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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