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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zn5 | ||||||
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タイトル | Solid State NMR Structure of the low-temperature form of the Pf1 Major Coat Protein in Magnetically Aligned Bacteriophage | ||||||
要素 | Coat protein B | ||||||
キーワード | VIRUS / alpha-helix / virion / orientational constraints / Helical virus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas phage Pf1 (ウイルス) | ||||||
手法 | 個体NMR / Determination of torsion angles between adjacent residues using solid-state NMR frequencies | ||||||
データ登録者 | Thiriot, D.S. / Nevzorov, A.A. / Opella, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005 タイトル: Structural basis of the temperature transition of Pf1 bacteriophage. 著者: Thiriot, D.S. / Nevzorov, A.A. / Opella, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zn5.cif.gz | 138 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zn5.ent.gz | 81.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zn5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1zn5_validation.pdf.gz | 314 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1zn5_full_validation.pdf.gz | 356.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1zn5_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1zn5_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/1zn5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/1zn5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4612.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Host bacteria is Pseudomonas Aeruginosa. / 由来: (天然) Pseudomonas phage Pf1 (ウイルス) / 属: Inovirus / 参照: UniProt: P03621 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 個体NMR |
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NMR実験 | タイプ: PISEMA |
NMR実験の詳細 | Text: MODEL 1 IS THE BASIC SOLID-STATE NMR STRUCTURE (NO SIDECHAINS), WHILE MODELS 2-27 ARE IDENTICAL TRANSLATED AND ROTATED COPIES OF MODEL 1 INCLUDED TO PRESENT THE MODEL OF THE WHOLE BACTERIOPHAGE ASSEMBLY. |
-試料調製
詳細 | 内容: Approximately 50 mg/ml Pf1 bacteriophage, u-15N / 溶媒系: 5 mM sodium borate buffer |
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試料状態 | pH: 8 / 圧: ambient / 温度: 273 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 750 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Determination of torsion angles between adjacent residues using solid-state NMR frequencies ソフトェア番号: 1 詳細: This is a backbone only model. Constant peptide plane geometry was assumed. Torsion angles phi and psi were allowed to vary within 10-20 degrees relative to phi=-65, psi=-40. Radial and ...詳細: This is a backbone only model. Constant peptide plane geometry was assumed. Torsion angles phi and psi were allowed to vary within 10-20 degrees relative to phi=-65, psi=-40. Radial and angular positioning of subunits in a manner similar to and in comparison with structure 1PJF, which involved minimization against published neutron diffraction distance constraints and energy minimization with sidechains using the program SCWRL. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structural fitting of PISEMA spectrum with fixed peptide plane geometry 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 27 |