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万見
- PDB-1zn5: Solid State NMR Structure of the low-temperature form of the Pf1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zn5
タイトルSolid State NMR Structure of the low-temperature form of the Pf1 Major Coat Protein in Magnetically Aligned Bacteriophage
要素Coat protein B
キーワードVIRUS / alpha-helix / virion / orientational constraints / Helical virus
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / host cell membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #230 / Inovirus Coat protein B / Capsid protein G8P / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein G8P
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage Pf1 (ウイルス)
手法個体NMR / Determination of torsion angles between adjacent residues using solid-state NMR frequencies
データ登録者Thiriot, D.S. / Nevzorov, A.A. / Opella, S.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Structural basis of the temperature transition of Pf1 bacteriophage.
著者: Thiriot, D.S. / Nevzorov, A.A. / Opella, S.J.
履歴
登録2005年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6121
ポリマ－4,6121
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)27 / 100structural fitting of PISEMA spectrum with fixed peptide plane geometry
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Coat protein B / Major coat protein


分子量: 4612.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Host bacteria is Pseudomonas Aeruginosa. / 由来: (天然) Pseudomonas phage Pf1 (ウイルス) / 属: Inovirus / 参照: UniProt: P03621

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験タイプ: PISEMA
NMR実験の詳細Text: MODEL 1 IS THE BASIC SOLID-STATE NMR STRUCTURE (NO SIDECHAINS), WHILE MODELS 2-27 ARE IDENTICAL TRANSLATED AND ROTATED COPIES OF MODEL 1 INCLUDED TO PRESENT THE MODEL OF THE WHOLE BACTERIOPHAGE ASSEMBLY.

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試料調製

詳細内容: Approximately 50 mg/ml Pf1 bacteriophage, u-15N / 溶媒系: 5 mM sodium borate buffer
試料状態pH: 8 / 圧: ambient / 温度: 273 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.2データ解析
Felix2000.1データ解析
Matlab scripts1Nevzorov A.A., Opella, S.J.構造決定
SCWRLBower et al.精密化
精密化手法: Determination of torsion angles between adjacent residues using solid-state NMR frequencies
ソフトェア番号: 1
詳細: This is a backbone only model. Constant peptide plane geometry was assumed. Torsion angles phi and psi were allowed to vary within 10-20 degrees relative to phi=-65, psi=-40. Radial and ...詳細: This is a backbone only model. Constant peptide plane geometry was assumed. Torsion angles phi and psi were allowed to vary within 10-20 degrees relative to phi=-65, psi=-40. Radial and angular positioning of subunits in a manner similar to and in comparison with structure 1PJF, which involved minimization against published neutron diffraction distance constraints and energy minimization with sidechains using the program SCWRL.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structural fitting of PISEMA spectrum with fixed peptide plane geometry
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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