[日本語] English
万見
- PDB-1zll: NMR Structure of Unphosphorylated Human Phospholamban Pentamer -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zll
タイトルNMR Structure of Unphosphorylated Human Phospholamban Pentamer
要素Cardiac phospholamban
キーワードMEMBRANE PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / pentamer / leu/ile zipper / super coil / channel / MEMBRANE PROTEIN-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / negative regulation of calcium ion binding / negative regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / regulation of the force of heart contraction by cardiac conduction / calcium ion-transporting ATPase complex / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity ...regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / negative regulation of calcium ion binding / negative regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / regulation of the force of heart contraction by cardiac conduction / calcium ion-transporting ATPase complex / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / acrosome assembly / negative regulation of calcium ion import / negative regulation of catalytic activity / ATPase inhibitor activity / regulation of the force of heart contraction / negative regulation of ATP-dependent activity / cardiac muscle tissue development / regulation of cardiac muscle cell contraction / blood circulation / enzyme inhibitor activity / relaxation of cardiac muscle / regulation of heart contraction / negative regulation of heart rate / muscle cell cellular homeostasis / regulation of calcium ion transport / Ion transport by P-type ATPases / negative regulation of calcium ion transport / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / Ion homeostasis / Notch signaling pathway / sarcoplasmic reticulum membrane / regulation of cytosolic calcium ion concentration / sarcoplasmic reticulum / mitochondrial membrane / intracellular calcium ion homeostasis / ATPase binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Phospholamban / Phospholamban / Phospholamban / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cardiac phospholamban
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Simulated Annealing, Molecular Dynamics
データ登録者Oxenoid, K. / Chou, J.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: The structure of phospholamban pentamer reveals a channel-like architecture in membranes
著者: Oxenoid, K. / Chou, J.J.
履歴
登録2005年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cardiac phospholamban
B: Cardiac phospholamban
C: Cardiac phospholamban
D: Cardiac phospholamban
E: Cardiac phospholamban


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5735
ポリマ－30,5735
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30structures with the lowest energy
代表モデルモデル #9fewest violations

-
要素

#1: タンパク質
Cardiac phospholamban / PLB


分子量: 6114.576 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLN / プラスミド: pMALc2x / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26678

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TROSY-HNCA, HN(CA)CB, HN(CA)CO
122measurement of 1H-15N, 13C'-13CA, and 13C'-15N RDCs using 3D HNCO based experiments
133H(CCO)NH, C(CO)NH
14315N-edited NOESY, 13C-edited NOESY
15413C-HSQC for methyl stereospecific assignment
165Double 13C-filtered, 15N-edited NOESY
1763D 15N-edited NOESY
1832D spin-echo difference experiments for measuring 3-bond J(NCg) and J(CCg) couplings

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2 mM Phospholamban Pentamer, U-15N, 13C, 85% 2H, 25 mM Sodium Phosphate buffer, 50 mM BME, 200 mM DPC, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
20.05 mM Phospholamban Pentamer, U-15N,13C, 85% 2H, 25 mM Sodium Phosphate buffer, 50 mM BME, 200 mM DPC, 4% stretched polyacrylamide gel, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
30.2 mM Phospholamban Pentamer, U-15N,13C, 25 mM Sodium Phosphate buffer, 50 mM BME, 200 mM 2H-DPC, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
40.2 mM Phospholamban Pentamer, 10% 13C-labeled, 25 mM Sodium Phosphate buffer, 50 mM BME, 200 mM DPC, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
50.2 mM Phospholamban Pentamer, 50% U-15N,13C and 50% unlabeled, 25mM Sodium Phosphate buffer, 50 mM BME, 200 mM 2H-DPC, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
60.2 mM Phospholamban Pentamer, 50% U-15N, U-2H and 50% unlabeled; 25mM Sodium Phosphate buffer, 50 mM BME, 200 mM 2H-DPC, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 25 mM Sodium Phosphate / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7503

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.2Delaglio et al.解析
XPLOR-NIH2.9.9Schwieters et al.精密化
精密化手法: Simulated Annealing, Molecular Dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: 1. Monomer structure was determined with simulated annealing protocol that refines all intramonomer NOEs, sidechain J-couplings, and backbone RDCs. 2. Pentamer is calculated with simulated- ...詳細: 1. Monomer structure was determined with simulated annealing protocol that refines all intramonomer NOEs, sidechain J-couplings, and backbone RDCs. 2. Pentamer is calculated with simulated-annealing protocol that treats individual monomer backbones as rigid bodies while satisfying all intermonomer NOEs.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る