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- PDB-1zke: 1.6 A Crystal Structure of a Protein HP1531 of Unknown Function f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zke
タイトル1.6 A Crystal Structure of a Protein HP1531 of Unknown Function from Helicobacter pylori
要素Hypothetical protein HP1531
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Helicobacter pylori / layer of helix-turn-helix / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Protein of unknown function DUF2443 / Uncharacterised protein HP_1531 / Protein of unknown function (DUF2443) / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein HP_1531
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhang, R. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.6A crystal structure of a hypothetical protein HP1531 from Helicobacter pylori 26695
著者: Zhang, R. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2005年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein HP1531
B: Hypothetical protein HP1531
C: Hypothetical protein HP1531
D: Hypothetical protein HP1531
E: Hypothetical protein HP1531
F: Hypothetical protein HP1531
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,79810
ポリマ－56,7006
非ポリマー974
水13,565753
1
A: Hypothetical protein HP1531
C: Hypothetical protein HP1531
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9243
ポリマ－18,9002
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area9510 Å2
手法PISA
2
B: Hypothetical protein HP1531
F: Hypothetical protein HP1531
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9243
ポリマ－18,9002
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9600 Å2
手法PISA
3
D: Hypothetical protein HP1531
E: Hypothetical protein HP1531
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9494
ポリマ－18,9002
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area9640 Å2
手法PISA
4
A: Hypothetical protein HP1531
C: Hypothetical protein HP1531
ヘテロ分子

B: Hypothetical protein HP1531
F: Hypothetical protein HP1531
ヘテロ分子

D: Hypothetical protein HP1531
E: Hypothetical protein HP1531
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,79810
ポリマ－56,7006
非ポリマー974
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation3_654-x+1,y+1/2,-z-1/21
Buried area11230 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area26150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.156, 73.262, 135.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細This protein existed as dimer. MolA and MolC form the dimer in this deposition.

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein HP1531


分子量: 9450.053 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: GI:15646139 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P64665
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 753 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1M NH4SO4, 0.1M Bis-Tris., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 75865 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 16.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 24.48
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / Num. unique all: 14527 / % possible all: 67.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→67.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.72 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.101
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23181 3613 5.1 %RANDOM
Rwork0.19819 ---
obs0.19996 67687 93.98 %-
all-72023 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.567 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20 Å20 Å2
2---0.89 Å20 Å2
3----0.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.081 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.082 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→67.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3930 0 4 753 4687
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1992.0085278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1225486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.45526.067178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.06715868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1631518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022820
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.22035
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22822
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2530.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7771.52504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32523900
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.77131568
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2894.51378
LS精密化 シェル解像度: 1.599→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 208 -
Rwork0.234 3691 -
obs--70.43 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.422 Å / Origin y: 31.619 Å / Origin z: -0.173 Å
111213212223313233
T0.1419 Å2-0.006 Å20.0007 Å2-0.025 Å2-0.0002 Å2--0.0328 Å2
L0.0087 °2-0.0055 °20.0305 °2-0.0053 °2-0.0009 °2--0.28 °2
S0.0017 Å °-0.0004 Å °0.005 Å °-0.0031 Å °0.011 Å °0.0114 Å °-0.0435 Å °0.0209 Å °-0.0127 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 813 - 83
2X-RAY DIFFRACTION1BB0 - 812 - 83
3X-RAY DIFFRACTION1CC1 - 813 - 83
4X-RAY DIFFRACTION1DD-1 - 811 - 83
5X-RAY DIFFRACTION1EE0 - 812 - 83
6X-RAY DIFFRACTION1FF-1 - 811 - 83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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