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- PDB-1zhi: Complex of the S. cerevisiae Orc1 and Sir1 interacting domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zhi
タイトルComplex of the S. cerevisiae Orc1 and Sir1 interacting domains
要素
  • Origin recognition complex subunit 1
  • Regulatory protein SIR1
キーワードTranscription/Replication / protein complex / BAH domain / OIR domain / Transcription-Replication COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


CDC6 association with the ORC:origin complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / nuclear pre-replicative complex / chromatin silencing complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex ...CDC6 association with the ORC:origin complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / nuclear pre-replicative complex / chromatin silencing complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / Orc1 removal from chromatin / DNA replication origin binding / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / heterochromatin formation / nucleosome binding / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sir1, ORC-binding domain / ORC1-binding domain / Sir1, ORC-binding domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / AAA lid domain / AAA lid domain / Bromo adjacent homology domain / BAH domain ...Sir1, ORC-binding domain / ORC1-binding domain / Sir1, ORC-binding domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / AAA lid domain / AAA lid domain / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain profile. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / SH3 type barrels. / Roll / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein SIR1 / Origin recognition complex subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hou, Z. / Bernstein, D.A. / Fox, C.A. / Keck, J.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Structural basis of the Sir1-origin recognition complex interaction in transcriptional silencing.
著者: Hou, Z. / Bernstein, D.A. / Fox, C.A. / Keck, J.L.
履歴
登録2005年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Origin recognition complex subunit 1
B: Regulatory protein SIR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2612
ポリマ－42,2612
非ポリマー00
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.151, 72.151, 310.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex protein 120 kDa subunit


分子量: 26100.674 Da / 分子数: 1 / 断片: BAH domain of Orc1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ORC1 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P54784
#2: タンパク質 Regulatory protein SIR1 / Silent information regulator 1


分子量: 16160.791 Da / 分子数: 1 / 断片: OIR* domain of Sir1 / Mutation: Cys593Ala / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SIR1 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P21691
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Tris, NaCl, Ammonium Sulfate, pH 7.5, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月22日
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→62 Å / Num. all: 14005 / Num. obs: 14005 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 12.766 / SU ML: 0.266 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.683 / ESU R Free: 0.367 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29323 696 5 %RANDOM
Rwork0.23082 ---
all0.2338 13146 --
obs0.2338 13146 98.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.218 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20.09 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2633 0 0 66 2699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.021.9643645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.475317
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022037
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.21083
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2880.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5831.51600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09722597
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3631091
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3084.51048
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.372 48
Rwork0.295 913
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.55270.5728-2.08934.6589-0.50413.21560.2629-0.25680.6490.7224-0.20070.2612-0.54680.0655-0.06220.2959-0.0776-0.02220.0953-0.08040.1008-16.693845.409115.2004
26.4652-4.82624.07735.0823-3.5364.13040.35990.1683-0.2149-0.0971-0.3144-0.22130.22120.19-0.04550.1535-0.0761-0.0950.2510.10610.26565.490922.8791105.2115
32.00930.38870.49220.8753-0.42520.88540.09880.02280.19660.2329-0.0906-0.1859-0.04210.1015-0.00820.1423-0.0931-0.03190.12420.05380.0485-7.548235.5423107.1004
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA10 - 21416 - 220
2X-RAY DIFFRACTION2BB487 - 61114 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3BD1 - 66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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