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万見
- PDB-1zhf: Crystal structure of selenomethionine substituted isoflavanone 4'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zhf
タイトルCrystal structure of selenomethionine substituted isoflavanone 4'-O-methyltransferase
要素Isoflavanone 4'-O-methyltransferase
キーワードPlant Protein / Transferase / Isoflavanone 4'-O-methyltransferase / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


2,7,4'-trihydroxyisoflavanone 4'-O-methyltransferase / isoflavone 4'-O-methyltransferase / isoflavone 4'-O-methyltransferase activity / 2,7,4'-trihydroxyisoflavanone-4'-O-methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Plant methyltransferase dimerisation / O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Plant methyltransferase dimerisation / O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Isoflavone 4'-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liu, C.-J. / Deavours, B.E. / Richard, S. / Ferrer, J.-L. / Dixon, R.A. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: Structural basis for dual functionality of isoflavonoid O-methyltransferases in the evolution of plant defense responses.
著者: Liu, C.J. / Deavours, B.E. / Richard, S.B. / Ferrer, J.L. / Blount, J.W. / Huhman, D. / Dixon, R.A. / Noel, J.P.
履歴
登録2005年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE Currently there is no database reference available for Isoflavanone 4'-O- ... SEQUENCE Currently there is no database reference available for Isoflavanone 4'-O-methyltransferase, source Medicago truncatula

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoflavanone 4'-O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4802
ポリマ－40,0961
非ポリマー3841
水1,56787
1
A: Isoflavanone 4'-O-methyltransferase
ヘテロ分子

A: Isoflavanone 4'-O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9604
ポリマ－80,1912
非ポリマー7692
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_576x,-y+2,-z+3/21
Buried area8930 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area31130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.355, 71.355, 188.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Isoflavanone 4'-O-methyltransferase


分子量: 40095.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
プラスミド: pET28a+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q29U70
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化温度: 277.16 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: PEG 8000, amonium acetate, DTT, pH 5.5, temperature 277.16K, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97932, 0.97942, 0.9855
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月12日
詳細: Mirror M1 Double crystal mono. Mirror M2 Distance from source 26m 81 29 m76 32m 71 Focusing type vert. foc. horiz. foc. by sagittal curved 2nd crystal vert. foc. Beam size at sample 0.3x0.3 ...詳細: Mirror M1 Double crystal mono. Mirror M2 Distance from source 26m 81 29 m76 32m 71 Focusing type vert. foc. horiz. foc. by sagittal curved 2nd crystal vert. foc. Beam size at sample 0.3x0.3 mm2 Spectral range 8-25 keV Energy resolution 2 e-4 Flux at sample (at 1 A) .
放射モノクロメーター: At the Se K edge / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979321
20.979421
30.98551
反射解像度: 2.5→80 Å / Num. all: 14700 / Num. obs: 19380 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 7.46
反射 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→26.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2232073.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: As indicated by authors, after phasing, the SeMet residue was substituted by Met for subsequent refinement and therefore SeMet is not present in the coordinates
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 736 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all0.243 17690 --
obs0.204 14700 83.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.6794 Å2 / ksol: 0.37381 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.84 Å20 Å20 Å2
2--1.84 Å20 Å2
3----3.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→26.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2819 0 26 87 2932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.742.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 87 4.8 %
Rwork0.231 1742 -
obs-1742 62.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2sah.paramsah.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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