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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zgc | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Torpedo Californica Acetylcholinesterase in Complex With an (RS)-Tacrine(10)-Hupyridone Inhibitor. | ||||||
![]() | Acetylcholinesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / SERINE-HYDROLASE / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX / ENANTIOMERIC SELECTIVITY / Israel Structural Proteomics Center / ISPC / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / side of membrane / synaptic cleft / synapse / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Haviv, H. / Wong, D.M. / Greenblatt, H.M. / Carlier, P.R. / Pang, Y.P. / Silman, I. / Sussman, J.L. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Packing Mediates Enantioselective Ligand Recognition at the Peripheral Site of Acetylcholinesterase 著者: Haviv, H. / Wong, D.M. / Greenblatt, H.M. / Carlier, P.R. / Pang, Y.P. / Silman, I. / Sussman, J.L. #1: ジャーナル: BIOORG.MED.CHEM.LETT. / 年: 1999 タイトル: Potent, easily synthesized huperzine A-tacrine hybrid acetylcholinesterase inhibitors 著者: Carlier, P.R. / Du, D.-M. / Han, Y.-F. / Liu, J. / Pang, Y.-P. #2: ![]() タイトル: Acetylcholinesterase Complexed with Bivalent Ligands Related to Huperzine A: Experimental Evidence for Species-Dependent Protein-Ligand Complementarity 著者: Wong, D.M. / Greenblatt, H.M. / Dvir, H. / Carlier, P.R. / Han, Y.-F. / Pang, Y.-P. / Silman, I. / Sussman, J.L. #3: ![]() タイトル: The complex of a bivalent derivative of galanthamine with torpedo acetylcholinesterase displays drastic deformation of the active-site gorge: implications for structure-based drug design 著者: Greenblatt, H.M. / Guillou, C. / Guenard, D. / Argaman, A. / Botti, S. / Badet, B. / Thal, C. / Silman, I. / Sussman, J.L. #4: ジャーナル: Science / 年: 1991 タイトル: Atomic structure of acetylcholinesterase from Torpedo californica: a prototypic acetylcholine-binding protein 著者: Sussman, J.L. / Harel, M. / Frolow, F. / Oefner, C. / Goldman, A. / Toker, L. / Silman, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 223.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 183 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1014.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61325.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.84 % |
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結晶化 | 温度: 277 K 詳細: PEG 200, pH 5.8, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP. PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 28-30% V/V PEG 200 0.5 M MES PH 5.8 AT 277K, WITHOUT SEEDING WITH MICROCRYSTALS; THEN SOAKED IN ...詳細: PEG 200, pH 5.8, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP. PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 28-30% V/V PEG 200 0.5 M MES PH 5.8 AT 277K, WITHOUT SEEDING WITH MICROCRYSTALS; THEN SOAKED IN MOTHER LIQUOR (40% V/V PEG 200 IN 0.1 M MES BUFFER, PH 5.8) CONTAINING 4MM (RS)-(+/-)- TACRINE(10)-HUPYRIDONE ((5RS)-(+/-)-5-{[10-(1,2,3,4- TETRAHYDROACRIDIN-9-YLAMINO)DECYL]AMINO}5,6,7,8-TETRAHYDRO-QUINOLIN-2(1H)-ONE) BIS-OXALATE FOR 40 HOURS. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月2日 / 詳細: OSMIC BLUE CONFOCAL MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→34.5 Å / Num. obs: 84805 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 0.61 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 3.83 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20 /
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