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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zez | ||||||||||||||||||
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タイトル | ACC Holliday Junction | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / Crystallographic Screen / DNA Structure / Holliday Junction / Molecular Structure | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | データ登録者 | Hays, F.A. / Teegarden, A.T. / Jones, Z.J.R. / Harms, M. / Raup, D. / Watson, J. / Cavaliere, E. / Ho, P.S. | 引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005 | タイトル: How sequence defines structure: a crystallographic map of DNA structure and conformation. 著者: Hays, F.A. / Teegarden, A. / Jones, Z.J. / Harms, M. / Raup, D. / Watson, J. / Cavaliere, E. / Ho, P.S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zez.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zez.ent.gz | 14.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zez.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1zez_validation.pdf.gz | 380.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1zez_full_validation.pdf.gz | 380.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1zez_validation.xml.gz | 3.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1zez_validation.cif.gz | 4.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/1zez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/1zez | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1zewC 1zexC 1zeyC 1zf0C 1zf1C 1zf2C 1zf3C 1zf4C 1zf5C 1zf6C 1zf7C 1zf8C 1zf9C 1zfaC 1zfbC 1zfcC 1zfeC 1zffC 1zfgC 1zfhC 1zfmC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: DNA WAS SYNTHESIZED ON AN APPLIED BIOSYSTEMS DNA SYNTHESIZER USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY, WITH THE TRITYL-PROTECTING GROUP LEFT INTACT AT THE 5'- TERMINAL NUCLEOTIDE THEN DEPROTECTED BY ...詳細: DNA WAS SYNTHESIZED ON AN APPLIED BIOSYSTEMS DNA SYNTHESIZER USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY, WITH THE TRITYL-PROTECTING GROUP LEFT INTACT AT THE 5'- TERMINAL NUCLEOTIDE THEN DEPROTECTED BY TREATMENT WITH 3% ACETIC ACID FOR FIFTEEN MINUTES, NEUTRALIZED WITH AMMONIUM HYDROXIDE, AND DESALTED ON A SIGMA G-25 SEPHADEX COLUMN. #2: 化合物 | ChemComp-CA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 7 詳細: Na Cacodylate, CaCl2, Spermine, MPD in resevoir, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.542 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 3789 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 7.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Rsym value: 0.57 / % possible all: 67.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: ndb entry UD0008 解像度: 2→17.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 39820.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: STRUCTURE IS NOT REFINED TO ITS LOWEST R VALUES. REFER TO CITED PUBLICATION.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 74.665 Å2 / ksol: 0.344309 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→17.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.047 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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