[日本語] English
万見
- PDB-1zed: Alkaline phosphatase from human placenta in complex with p-nitrop... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zed
タイトルAlkaline phosphatase from human placenta in complex with p-nitrophenyl-phosphonate
要素Alkaline phosphatase
キーワードHYDROLASE / ALKALINE PHOSPHATASE / PHOSPHOSERINE / SUBSTRATE ANALOG
機能・相同性
機能・相同性情報


Intra-Golgi traffic / alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / side of membrane / cell surface / magnesium ion binding / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alkaline phosphatase, active site / Alkaline phosphatase active site. / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase homologues / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PNP / PHOSPHITE ION / Alkaline phosphatase, placental type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Llinas, P. / Stura, E.A. / Menez, A. / Kiss, Z. / Stigbrand, T. / Millan, J.L. / Le Du, M.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural Studies of Human Placental Alkaline Phosphatase in Complex with Functional Ligands.
著者: Llinas, P. / Stura, E.A. / Menez, A. / Kiss, Z. / Stigbrand, T. / Millan, J.L. / Le Du, M.H.
履歴
登録2005年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alkaline phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,95910
ポリマ－52,8081
非ポリマー1,1519
水13,709761
1
A: Alkaline phosphatase
ヘテロ分子

A: Alkaline phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,91820
ポリマ－105,6162
非ポリマー2,30218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area11330 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area32070 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)88.346, 114.573, 106.568
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 Alkaline phosphatase / PLAP-1 / Regan isozyme


分子量: 52808.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: placenta / 参照: UniProt: P05187, alkaline phosphatase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 768分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-PO3 / PHOSPHITE ION / ホスファイト


分子量: 78.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO3
#7: 化合物 ChemComp-PNP / METHYL-PHOSPHONIC ACID MONO-(4-NITRO-PHENYL) ESTER / 4-NITROPHENYL HYDROGEN METHYLPHOSPHONATE


分子量: 217.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8NO5P
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→99 Å / Num. all: 76000 / Num. obs: 74477 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.045
反射 シェル解像度: 1.57→1.61 Å / Rsym value: 0.411 / % possible all: 80.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
FFT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.57→24.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.225 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18753 3641 5 %RANDOM
Rwork0.14911 ---
obs0.15103 68749 97.23 %-
all-74477 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→24.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3673 0 64 761 4498
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0213790
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4171.9495143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87337853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8685480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.73823.605172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.75515599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5931529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02771
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.21021
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.23996
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21960
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22275
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0830.211
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2480.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9551.52441
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.271.5982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34323815
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.97431504
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.984.51328
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.36737800
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.1573765
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.28737090
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.613 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 196 -
Rwork0.243 3953 -
obs--84.28 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る